blastpncbi blastp怎么设库

blastp  时间:2021-08-02  阅读:()

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么?

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途分别如下: 1、blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较。

2、blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系。

3、blastx则是将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用。

4、tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用。

5、tblastx只在特殊情况下使用,它将DNA被检索的序列和核算序列数据库中的序列按不同的阅读框全部翻译成蛋白质序列,然后进行蛋白质序列比对。

扩展资料 blast的主要特点就是:速度快,共线性输出结果简单易读。

对于比较小的序列(如 cDNA 等)对大基因组的比对,blast无疑是首选。

blast虽然性能优异,但是它自身也存在着一定的局限性,对于特殊的任务需要注意选择合适的软件。

例如blast用于远亲缘物种间的核酸序列比对时,比对精度就不够高,建议使用专门为此用途开发的Blastz软件。

参考资料来源:百度百科-blat

与blastp相比,说明psi-blast工具具有什么特点

PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile,然后用新的profile再次搜索数据库,如此反复直至没有新的结果产生为止。

PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库,将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。

PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法,能寻找蛋白质序列中的隐含模式,有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白,甚至可以与一些结构比对方法,如threading相媲美。

PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到,还可以从NCBI的FTP服务器上下载PSI-BLAST的独立程序。

******************************* 您好,答案已经给出,请您浏览一遍 有什么不懂的地方欢迎回复我! 如果满意请及时点击【采纳回答】按钮 或者客户端的朋友在右上角评价点【满意】 您的采纳, 是我答题的动力 也同时给您带来知识和财富值 ***************************************************

BLAST是用来干什么的?

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

在NCBI上分为多种,常用的有N-BLAST(核苷酸序列比对检索)和P-BLAST(蛋白比对检索)。

此外还有primer Blast等。

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。

BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。

所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。

ncbi blastp怎么设库

[ol][*]liangent@oiweb:/tmp/t$ g++ a.C[*]liangent@oiweb:/tmp/t$ cat a.C[*]#include [*]using namespace std;[*]int main() {[*]int a[2] = {1, 2};[*]int* const &array = a; // Or int* &array = (int*)a;[*]printf("%d, %d\n", array[0...

Pia云服务商春节6.66折 美国洛杉矶/中国香港/俄罗斯和深圳机房

Pia云这个商家的云服务器在前面也有介绍过几次,从价格上确实比较便宜。我们可以看到最低云服务器低至月付20元,服务器均采用KVM虚拟架构技术,数据中心包括美国洛杉矶、中国香港、俄罗斯和深圳地区,这次春节活动商家的活动力度比较大推出出全场6.66折,如果我们有需要可以体验。初次体验的记得月付方案,如果合适再续约。pia云春节活动优惠券:piayun-2022 Pia云服务商官方网站我们一起看看这次活...

IMIDC日本多IP服务器$88/月起,E3-123x/16GB/512G SSD/30M带宽

IMIDC是一家香港本土运营商,商家名为彩虹数据(Rainbow Cloud),全线产品自营,自有IP网络资源等,提供的产品包括VPS主机、独立服务器、站群独立服务器等,数据中心区域包括香港、日本、台湾、美国和南非等地机房,CN2网络直连到中国大陆。目前主机商针对日本独立服务器做促销活动,而且提供/28 IPv4,国内直连带宽优惠后每月仅88美元起。JP Multiple IP Customize...

新注册NameCheap账户几天后无法登录原因及解决办法

中午的时候有网友联系提到自己前几天看到Namecheap商家开学季促销活动期间有域名促销活动的,于是就信注册NC账户注册域名的。但是今天登录居然无法登录,这个问题比较困恼是不是商家跑路等问题。Namecheap商家跑路的可能性不大,前几天我还在他们家转移域名的。这里简单的记录我帮助他解决如何重新登录Namecheap商家的问题。1、检查邮件让他检查邮件是不是有官方的邮件提示。比如我们新注册账户是需...

blastp为你推荐
阿里P8阿里巴巴 P8,P9 及以上到底是什么水平exe文件打不开exe文件怎么打不开了?exe文件打不开我的电脑里面的EXE文件打不开啦蓝牙开发iOS的蓝牙开发跟Android有什么不同蓝牙开发Android蓝牙开发代码怎么写?小蓝条AU多轨怎么调出每个音轨下面一个小蓝条调整音量团购网源码我想弄个自己的团购网站,请求帮助团购网源码想做一个团购网站,像糯米拉手一样的模板,哪里可以买的到?团购网源码最近看到团购挺火的,我也想做一个,请大家推荐个稳定的团购网站源码?微信收费微信平台是否要收费如何收费
asp网站空间 域名反查 广州服务器租用 泛域名解析 美国独立服务器 googleapps 优key 腾讯云数据库 免费全能主机 太原网通测速平台 国外免费asp空间 web服务器安全 网购分享 电信网络测速器 万网主机 accountsuspended windowssever2008 gotoassist cloudflare winserver2008下载 更多