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BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途分别如下： 1、blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较。

2、blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系。

3、blastx则是将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用。

4、tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用。

5、tblastx只在特殊情况下使用，它将DNA被检索的序列和核算序列数据库中的序列按不同的阅读框全部翻译成蛋白质序列，然后进行蛋白质序列比对。

扩展资料 blast的主要特点就是：速度快，共线性输出结果简单易读。

对于比较小的序列（如 cDNA 等）对大基因组的比对，blast无疑是首选。

blast虽然性能优异，但是它自身也存在着一定的局限性，对于特殊的任务需要注意选择合适的软件。

例如blast用于远亲缘物种间的核酸序列比对时，比对精度就不够高，建议使用专门为此用途开发的Blastz软件。

参考资料来源：百度百科-blat

与blastp相比，说明psi-blast工具具有什么特点

PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。

PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库，将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。

PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。

PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上下载PSI-BLAST的独立程序。

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BLAST是用来干什么的？

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

在NCBI上分为多种，常用的有N-BLAST(核苷酸序列比对检索)和P-BLAST(蛋白比对检索)。

此外还有primer Blast等。

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。

BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。

所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。

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