blastp如何查找一个基因在毛果杨中的CDS、蛋白质和基因组序列？

请教BLAST分析的含义和操作

BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的计说明。

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。

BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。

从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。

BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。

所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

至于如何进行,你先进入NCBI,然后点BLAST,选择你所需要的BLAST的类型,然后输入你要BLAST的序列,就可以看到与你所输入的序列的同源性序列了 ……………………

详细资料请参考：

荧光斑点分析: /101773/

如何用BLAST发现新基因？

从一个一直蛋白质序列开始，通过tBLASTn工具搜索一个DNA数据库，可以找到相应的匹配，如与DNA编码的已知蛋白质的匹配或者与DNA编码的相关蛋白质的匹配。

然后通过BLASTx或BLASTp在蛋白质数据库中搜索DNA或蛋白质序列来“确定”一个新基因。

如何预测基因组上的cds genearkes

怎么在NCBI里面找到目的基因的CDS 找几个近源的物种的该基因clustal，找出几个长度大于20的保守区，在这几个保守区域拉几条引物，放到primer5里评一下分，找一对分数高的引物，产物长度200-1000bp都可以，扩去就行了。

如果找不到完全一致的引物，就在不一样的那个碱基上设计成简并的。

如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。

因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的，上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字，可以通过做比对来判断，可以尝试一下用BIOED

如何进行BLAST比对？

Basic BLAST 根据需要选一个（见下面），点击进入就行了。

如果你是要确定是哪种菌，就近第一个Blastn。

序列粘贴或者导入，其中Choose Search Set中的Database你要选Others (nr etc.)。

然后点击Blast就行了。

如果同源性有99.99%以上的就说明是那个物种里的。

Blastn 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。

Tblastn 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对 TBlastx 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对

怎样在NCBI进行相似性搜索？（最好有例子图片）

要做相似性搜索，需要用到blast（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）在线比对工具。

如果有一条DNA序列，可以做blastn，blastx，tblastx比对；寻找和此DNA相似性高的DNA或蛋白质。

如果有一条蛋白质序列，可以做blastp，tblastn比对，寻找和此蛋白质相似性较高的蛋白质或DNA。

图示blastp

如何查找一个基因在毛果杨中的CDS、蛋白质和基因组序列？

有蛋白序列，直接对库做blastp搜索，pfam中导出的是片段的话，blast时e-value值设大点，可以找到同源的蛋白序列或者本序列。

库分为两种，一个是基因组库，一个是蛋白库。

如果用蛋白在蛋白库中找同源，用blastp 如果用蛋白在基因库中找同源，用tblastn