BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的计说明。
BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。
BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。
BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。
所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。
至于如何进行,你先进入NCBI,然后点BLAST,选择你所需要的BLAST的类型,然后输入你要BLAST的序列,就可以看到与你所输入的序列的同源性序列了
……………………
详细资料请参考:
荧光斑点分析: /101773/
如今我们还有在做个人网站吗?随着自媒体和短视频的发展和兴起,包括我们很多WEB2.0产品的延续,当然也包括个人建站市场的低迷和用户关注的不同,有些个人已经不在做网站。但是,由于我们有些朋友出于网站的爱好或者说是有些项目还是基于PC端网站的,还是有网友抱有信心的,比如我们看到有一些老牌个人网站依旧在运行,且还有新网站的出现。今天在这篇文章中谈谈有网友问关于个人网站备案的问题。这个也是前几天有他在选择...
horain怎么样?horain cloud是一家2019年成立的国人主机商家,隶属于北京辰帆科技有限公司,horain持有增值电信业务经营许可证(B1-20203595),与中国电信天翼云、腾讯云、华为云、UCloud、AWS等签署渠道合作协议,主要提企业和个人提供云服务器,目前商家推出了几款特价物理机,都是在内地,性价比不错,其中有目前性能比较强悍的AMD+NVMe系列。点击进入:horain...
天上云服务器怎么样?天上云是国人商家,成都天上云网络科技有限公司,专注于香港、美国海外云服务器的产品,有多年的运维维护经验。世界这么大 靠谱最重,我们7*24H为您提供服务,贴心售后服务,安心、省事儿、稳定、靠谱。目前,天上云香港大带宽物理机服务器572元;20Mbps带宽!三网CN2线路,香港沙田数据中心!点击进入:天上云官方网站地址香港沙田数据中心!线路说明 :去程中国电信CN2 +中国联通+...