blastpblast 和bomb的区别

blastp  时间:2021-08-02  阅读:()

怎么进行BLAST

对于Windows用户,根据自己的机器下载32位或者64位的安装包,下载完成之后按照常规软件安装步骤安装即可。

对于Linux用户,如果是Fedora或者Suse版本的操作系统,可以选择已经编译好RPM包,然后使用yum localinstall ***.rpm命令安装,不过需要root超级用户权限。

不过,为了安装的简洁性,对于所有的Linux系统(无论那个版本),还是建议下载已经编译好的可执行文件包,如ncbi-blast-2.2.22+-ia32-linux.tar.bz,然后使用tar -zxvf ncbi-blast-2.2.22+-ia32-linux.tar.bz 来解压文件,解压后的文件夹ncbi-blast-2.2.22+/bin里面即是可执行的BLAST+程序了,将此文件夹mv到合适的位置(如/usr/local/bif/),然后做好软链接即可(如ln -s /usr/local/bif/ncbi-blast-2.2.22+/bin/* /usr/local/bin)。

无论是Windows还是Linux,安装上面的步骤装好之后,就可以使用BLAST+了,可以不用理会.ncbirc(Windows下是ncbi.ini文件)这个配置文件。

什么是双向最佳blast比对,需要进行两次比对吗?

双向Blast不是两个Blast过程的简单组合,它分为三个步骤。

第—个步骤是正向Blast,其过程和常规的Blast—样,由query_l得到subject_l; 第二个步骤是反向Blast,将之前正向Blast得到的subject_l作为反向Blast的query,即query_2,再执行Blast程序,得到subject_2; 第三步是筛选,将subject_2排序后,按照query_2进行分块,然后将对应的query—1的名称和每个query_2块中最佳匹配的subject_2的名称进行比较。

如果这个最佳的subject_2和对应的query—1完全一样,便将与这个subject一2对应的query一2纪录,这个query_2便是我们需要的结果。

如何使用ncbi核苷酸blast

Blast(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。

如何使用agrigo进行靶基因功能分析

1. Pathway功能分析及显著性判断   对差异表达基因进行Pathway功能分析,并计算Pvalue进行显著性判断,Pvalue越小,表明该pathway变化越显著,并可对每条Pathway通路图进行展示,同时在相应的位置标注差异表达基因。

  2. Pathway中基因相关性分析   根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计,绘制基因共相关点线图,进而得到不同pathway上基因的关联情况。

在分析工具上点击“cell differentiation”,在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息,包括树形及与父结点、子节点关系。

  对于未知基因名的序列,可以用序列直接检索GO数据库。

点击AmiGO首页上方的“BLAST”,进入检索界面。

在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件,检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。

以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例,“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。

blast 和bomb的区别

blast : n. 爆炸;一阵(疾风等);(吹奏乐器、哨子、汽车喇叭等突然发出的)响... vt. 击毁,摧毁;尖响;裁判高声吹哨;枯萎:使枯萎 vi. 爆炸;吼叫;枯萎:枯萎;攻击:严厉批评或猛烈攻击 bomb: n. 炸弹;彻底的失败;[橄榄球] 长传;高压贮罐 vt. 轰炸,投弹于 vi. 投弹;[俚语] 惨败;[俚语] 涂鸦

搬瓦工香港 PCCW 机房已免费迁移升级至香港 CN2 GIA 机房

搬瓦工最新优惠码优惠码:BWH3HYATVBJW,节约6.58%,全场通用!搬瓦工关闭香港 PCCW 机房通知下面提炼一下邮件的关键信息,原文在最后面。香港 CN2 GIA 机房自从 2020 年上线以来,网络性能大幅提升,所有新订单都默认部署在香港 CN2 GIA 机房;目前可以免费迁移到香港 CN2 GIA 机房,在 KiwiVM 控制面板选择 HKHK_8 机房进行迁移即可,迁移会改变 IP...

腾讯云2核4GB内存8M带宽 年74元

一般大厂都是通过首年才有可以享受爆款活动,然后吸引我们注册他们商家达到持续续费和购买的目的。一般只有大厂才能有这样的魄力和能力首年亏本,但是对于一般的公司和个人厂家确实难过,这几年确实看到不少的同类商家难以生存。这里我们可以看到有对应的套餐方案。不过这两个套餐都是100%CPU独享的,不是有某云商家限制CPU的。但是轻量服务器有个不好的就是带宽是较大且流量是限制的额,分别是1GB和1.2TB月流量...

宝塔面板批量设置站点404页面

今天遇到一个网友,他在一个服务器中搭建有十几个网站,但是他之前都是采集站点数据很大,但是现在他删除数据之后希望设置可能有索引的文章给予404跳转页面。虽然他程序有默认的404页面,但是达不到他引流的目的,他希望设置统一的404页面。实际上设置还是很简单的,我们找到他是Nginx还是Apache,直接在引擎配置文件中设置即可。这里有看到他采用的是宝塔面板,直接在他的Nginx中设置。这里我们找到当前...

blastp为你推荐
exe文件打不开exe文件怎么打不开了?电视蚂蚁电视机里进蚂蚁怎么处理电子听诊器听诊器的构造及原理是……wizardry霍格沃茨学校在哪里?阶乘函数C语言编写一个求n阶乘的函数,在主函数中输入n,调用函数求n阶乘。。谢谢团购网源码谁有功能比较全的团购网的代码?spinmaster街球名人都有哪些wifi快速破解器电脑版无线密码破解器没有nvidia控制面板没有nvidia控制面板有什么用移动硬盘提示格式化救命啊!移动硬盘一直提示让我格式化,里面有很多重要数据啊```
什么是域名地址 便宜域名 linkcloud 42u机柜尺寸 表格样式 远程登陆工具 太原联通测速平台 宁波服务器 合租空间 重庆双线服务器托管 smtp虚拟服务器 www789 西安服务器托管 百度云空间 服务器论坛 贵州电信 xshell5注册码 windowsserver2012r2 删除域名 winserver2008下载 更多