蛋白结构预测目前,目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段,效果如何?

蛋白结构预测  时间:2021-09-29  阅读:()

蛋白质二级结构的预测方法

蛋白质结构研究方法进展 X-射线晶体学技术 核磁共振衍射技术 电子显微技术 质谱法 荧光共振能量转移技术(FRET) 同源建模预测蛋白质结构 酵母双杂交,三杂交 CO-IP 双向电泳

如何研究蛋白质结构

小弟刚进入这一个领域,很多问题都不明白。

寻找生物大分子结构的基本数学规律是有意思的,人们已经在DNA的结构研究中获得了一些认识,例如对DNA拓扑学的研究,同样的方法能不能用于蛋白质结构的分析?如果自己的研究目标是蛋白质分子的基本数学规律的话,应该从那些知识开始学起?生物信息学和这个研究方向的关系大不大?最近很是迷茫,不知道该怎么做,实验室又只我一个人做这个题目,而我们实验室原来是做结构化学的,真不知道该怎么办?请高人指点!多谢!蛋白质结构远比DNA结构复杂,可以研究蛋白质药物靶标与类药性小分子相互作用。

生物信息学、化学信息学与此关系大的很。

多看点书,明白蛋白质结构分析的原理。

structural bioinformatics中蛋白质结构分类、蛋白质活性位点是重点。

推荐书:introduction to protein architecture, arthur lesk structural bioinformatics, bourne weissig生物信息学是个大框框,蛋白质的结构研究也可以说是一个重要的分支,尽管这方面的研究已有数十年,但是还是有很多方面值得探索的,你有结构化学的基础对这方面的研究很有帮助。

这方面的方向很多,比如二级,三级结构预测,结构比较,蛋白与蛋白,蛋白与核酸相互作用,分子结构模拟等。

你可以看看这方面的书,再此基础上再多看看现在的好的国际杂志上的有关文章就会有所体会。

我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系,上次报告给我们讲了一下。

上研的时候选择了理论,但现在不知道理论的价值在哪里?真是很迷茫...vivalk wrote:我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系,上次报告给我们讲了一下。

他们好像有个孔洞理论,很有新意,可以查一查。

蛋白质的数学理论应该是很有趣的

蛋白质结构

蛋白质的结构可分为四级,一级结构是由氨基酸通过肽键形成肽链,可以看出组成的氨基酸。

二级结构是一级结构通过非共价键形成的。

有α螺旋,β折叠,β转角,无规卷曲 三级结构是二级结构通过非共价键形成的 四级结构也是通过非共价键形成的,四级结构中的每一条肽链又称亚基

如何根据新蛋白序列测定新蛋白质结构

仅凭蛋白中一级序列还不能直接确定蛋白三维结构,但是可以通过软件在线预测蛋白的二级结构以及高级结构。

当然,如果能查到该蛋白的同源蛋白(BLAST后相似度在60%以上的),那么我们对该蛋白的三维结构会有个轮廓性的认识,还需做进一步的结构解析工作,比如X射线衍射蛋白晶体,核磁共振等。

试述蛋白质三维结构预测的三类方法

(1)同源建模,对于一个未知结构的蛋白质,找到一个已知结构的同源蛋白质,以该蛋白质的结构为模板,为未知结构的蛋白质建立结构模型,序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型;(2)在已知结模板的序列一致率小于25%时,使用折叠识别方法进行预测;(3)在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。

目前,目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段,效果如何?

1、通过实验的方法预测蛋白质结构,即对蛋白质晶体使用X射线衍射或核磁共振,得到晶体电子密度等方面的信息,从而分析蛋白质结构。

这是结构生物学的方法。

该方法结果准确可信,但是工作量大,难度也比较高。

例如要结晶得到纯度高的蛋白质晶体有时候是很困难的,各种条件要慢慢摸索,往往要靠运气。

2、用计算机程序,根据已有的蛋白质序列只是推测未知蛋白的结构。

因为蛋白质序列有保守性,而且一定的序列其折叠方式是有规律的。

这样的方法依靠好的算法,推测结构速度比较快,但是精确性比较差。

香港物理服务器 E5-2660v2 16G 500GSSD 增送20G防御 688/月 华纳云

#年终感恩活动#华纳云海外物理机688元/月,续费同价,50M CN2 GIA/100M国际大带宽可选,超800G 防御,不限流华纳云成立于2015年,隶属于香港联合通讯国际有限公司。拥有香港政府颁发的商业登记证明,作为APNIC 和 ARIN 会员单位,现有香港、美国等多个地区数据中心资源,百G丰富带宽接入,坚持为海内外用户提供自研顶级硬件防火墙服务,支持T B级超大防护带宽,单IP防护最大可达...

牦牛云(3.5USD/月 )阿里云国际版云服务器 1核1G40G

收到好多消息,让我聊一下阿里云国际版本,作为一个阿里云死忠粉,之前用的服务器都是阿里云国内版的VPS主机,对于现在火热的阿里云国际版,这段时间了解了下,觉得还是有很多部分可以聊的,毕竟,实名制的服务器规则导致国际版无需实名这一特点被无限放大。以前也写过几篇综合性的阿里云国际版vps的分析,其中有一点得到很多人的认同,那句是阿里云不管国内版还是国际版的IO读写速度实在不敢恭维,相对意义上的,如果在这...

VoLLcloud:超便宜香港CMI大带宽vps-三网CMI直连-年付四免服务-低至4刀/月-奈飞

vollcloud LLC创立于2020年,是一家以互联网基础业务服务为主的 技术型企业,运营全球数据中心业务。致力于全球服务器租用、托管及云计算、DDOS安 全防护、数据实时存储、 高防服务器加速、域名、智能高防服务器、网络安全服务解决方案等领域的智 能化、规范化的体验服务。所有购买年付产品免费更换香港原生IP(支持解锁奈飞),商家承诺,支持3天内无条件退款(原路退回)!点击进入:vollclo...

蛋白结构预测为你推荐
决策系统行政决策中枢系统具体指的是什么?行政决策审批控制系统呢?谢谢.数字展会请问多媒体数字展厅商家怎样找到?空气污染指数api“空气污染指数API”与“空气质量指数AQI”的问题红杉树视频会议视频会议系统,红杉树与小鱼易连那个好?裂缝检测关于房屋墙体裂缝要如何检验湘潭手机湘潭联想手机哪里有买?全国大学生网络安全知识竞赛2018年全国大学生网络安全知识竞赛获奖等级有几种?声源定位大家知道有什么办法能快速精确地定位噪声源?产品涨价通知产品涨价通知书怎么写长角牛网络监控机ARP网关欺骗攻击软件和IP冲突软件下载地址
日本vps 免费申请域名 云网数据 外国域名 账号泄露 512m 英语简历模板word ibox官网 本网站在美国维护 上海域名 空间出租 服务器维护方案 刀片服务器的优势 699美元 共享主机 佛山高防服务器 能外链的相册 爱奇艺会员免费试用 双12 无限流量 更多