蛋白结构预测目前,目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段,效果如何?

蛋白结构预测  时间:2021-09-29  阅读:()

蛋白质二级结构的预测方法

蛋白质结构研究方法进展 X-射线晶体学技术 核磁共振衍射技术 电子显微技术 质谱法 荧光共振能量转移技术(FRET) 同源建模预测蛋白质结构 酵母双杂交,三杂交 CO-IP 双向电泳

如何研究蛋白质结构

小弟刚进入这一个领域,很多问题都不明白。

寻找生物大分子结构的基本数学规律是有意思的,人们已经在DNA的结构研究中获得了一些认识,例如对DNA拓扑学的研究,同样的方法能不能用于蛋白质结构的分析?如果自己的研究目标是蛋白质分子的基本数学规律的话,应该从那些知识开始学起?生物信息学和这个研究方向的关系大不大?最近很是迷茫,不知道该怎么做,实验室又只我一个人做这个题目,而我们实验室原来是做结构化学的,真不知道该怎么办?请高人指点!多谢!蛋白质结构远比DNA结构复杂,可以研究蛋白质药物靶标与类药性小分子相互作用。

生物信息学、化学信息学与此关系大的很。

多看点书,明白蛋白质结构分析的原理。

structural bioinformatics中蛋白质结构分类、蛋白质活性位点是重点。

推荐书:introduction to protein architecture, arthur lesk structural bioinformatics, bourne weissig生物信息学是个大框框,蛋白质的结构研究也可以说是一个重要的分支,尽管这方面的研究已有数十年,但是还是有很多方面值得探索的,你有结构化学的基础对这方面的研究很有帮助。

这方面的方向很多,比如二级,三级结构预测,结构比较,蛋白与蛋白,蛋白与核酸相互作用,分子结构模拟等。

你可以看看这方面的书,再此基础上再多看看现在的好的国际杂志上的有关文章就会有所体会。

我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系,上次报告给我们讲了一下。

上研的时候选择了理论,但现在不知道理论的价值在哪里?真是很迷茫...vivalk wrote:我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系,上次报告给我们讲了一下。

他们好像有个孔洞理论,很有新意,可以查一查。

蛋白质的数学理论应该是很有趣的

蛋白质结构

蛋白质的结构可分为四级,一级结构是由氨基酸通过肽键形成肽链,可以看出组成的氨基酸。

二级结构是一级结构通过非共价键形成的。

有α螺旋,β折叠,β转角,无规卷曲 三级结构是二级结构通过非共价键形成的 四级结构也是通过非共价键形成的,四级结构中的每一条肽链又称亚基

如何根据新蛋白序列测定新蛋白质结构

仅凭蛋白中一级序列还不能直接确定蛋白三维结构,但是可以通过软件在线预测蛋白的二级结构以及高级结构。

当然,如果能查到该蛋白的同源蛋白(BLAST后相似度在60%以上的),那么我们对该蛋白的三维结构会有个轮廓性的认识,还需做进一步的结构解析工作,比如X射线衍射蛋白晶体,核磁共振等。

试述蛋白质三维结构预测的三类方法

(1)同源建模,对于一个未知结构的蛋白质,找到一个已知结构的同源蛋白质,以该蛋白质的结构为模板,为未知结构的蛋白质建立结构模型,序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型;(2)在已知结模板的序列一致率小于25%时,使用折叠识别方法进行预测;(3)在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。

目前,目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段,效果如何?

1、通过实验的方法预测蛋白质结构,即对蛋白质晶体使用X射线衍射或核磁共振,得到晶体电子密度等方面的信息,从而分析蛋白质结构。

这是结构生物学的方法。

该方法结果准确可信,但是工作量大,难度也比较高。

例如要结晶得到纯度高的蛋白质晶体有时候是很困难的,各种条件要慢慢摸索,往往要靠运气。

2、用计算机程序,根据已有的蛋白质序列只是推测未知蛋白的结构。

因为蛋白质序列有保守性,而且一定的序列其折叠方式是有规律的。

这样的方法依靠好的算法,推测结构速度比较快,但是精确性比较差。

MOACK:韩国服务器/双E5-2450L/8GB内存/1T硬盘/10M不限流量,$59.00/月

Moack怎么样?Moack(蘑菇主机)是一家成立于2016年的商家,据说是国人和韩国合资开办的主机商家,目前主要销售独立服务器,机房位于韩国MOACK机房,网络接入了kt/lg/kinx三条线路,目前到中国大陆的速度非常好,国内Ping值平均在45MS左右,而且商家的套餐比较便宜,针对国人有很多活动。不过目前如果购买机器如需现场处理,由于COVID-19越来越严重,MOACK办公楼里的人也被感染...

美国服务器20G防御 50G防御 688元CN2回国

全球领先的IDC服务商华纳云“美国服务器”正式发售啦~~~~此次上线的美国服务器包含美国云服务器、美国服务器、美国高防服务器以及美国高防云服务器。针对此次美国服务器新品上线,华纳云也推出了史无前例的超低活动力度。美国云服务器低至3折,1核1G5M低至24元/月,20G DDos防御的美国服务器低至688元/月,年付再送2个月,两年送4个月,三年送6个月,且永久续费同价,更多款高性价比配置供您选择。...

Hostwinds:免费更换IP/优惠码美元VPS免费更换IP4.99,7月最新优惠码西雅图直连VPS

hostwinds怎么样?2021年7月最新 hostwinds 优惠码整理,Hostwinds 优惠套餐整理,Hostwinds 西雅图机房直连线路 VPS 推荐,目前最低仅需 $4.99 月付,并且可以免费更换 IP 地址。本文分享整理一下最新的 Hostwinds 优惠套餐,包括托管型 VPS、无托管型 VPS、Linux VPS、Windows VPS 等多种套餐。目前 Hostwinds...

蛋白结构预测为你推荐
宝安网站制作宝安网站制作网络公司哪家比较好智慧充电桩鑫轩智慧用电的安装方法3g安全网3G购彩通安全吗?秦皇岛建网站秦皇岛市药业有限公司免费建站系统胶南建管网怎样在胶南信息港注册账号?胶南建管网胶南做网站哪有点到直线的距离公式点到直线的距离公式是什么怎么运用,求举下例子或题型亚网谁知道什么是软式网球?长角牛网络监控机长角牛网络监控机的功能有哪些?出处吧吧求此图的出处
域名注册中心 个人注册域名 如何注册中文域名 cdn服务器 韩国电信 免费ddos防火墙 网通代理服务器 丹弗 云全民 美国十次啦服务器 ntfs格式分区 服务器是干什么的 php空间购买 电信虚拟主机 国外的代理服务器 阿里云手机官网 supercache 万网服务器 forwarder 百度新闻源申请 更多