蛋白结构预测目前，目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段，效果如何？

蛋白质二级结构的预测方法

蛋白质结构研究方法进展 X-射线晶体学技术 核磁共振衍射技术 电子显微技术 质谱法 荧光共振能量转移技术（FRET） 同源建模预测蛋白质结构 酵母双杂交，三杂交 CO-IP 双向电泳

如何研究蛋白质结构

小弟刚进入这一个领域，很多问题都不明白。

寻找生物大分子结构的基本数学规律是有意思的，人们已经在DNA的结构研究中获得了一些认识，例如对DNA拓扑学的研究，同样的方法能不能用于蛋白质结构的分析？如果自己的研究目标是蛋白质分子的基本数学规律的话，应该从那些知识开始学起？生物信息学和这个研究方向的关系大不大？最近很是迷茫，不知道该怎么做，实验室又只我一个人做这个题目，而我们实验室原来是做结构化学的，真不知道该怎么办？请高人指点！多谢！蛋白质结构远比DNA结构复杂，可以研究蛋白质药物靶标与类药性小分子相互作用。

生物信息学、化学信息学与此关系大的很。

多看点书，明白蛋白质结构分析的原理。

structural bioinformatics中蛋白质结构分类、蛋白质活性位点是重点。

推荐书：introduction to protein architecture, arthur lesk structural bioinformatics, bourne weissig生物信息学是个大框框，蛋白质的结构研究也可以说是一个重要的分支，尽管这方面的研究已有数十年，但是还是有很多方面值得探索的，你有结构化学的基础对这方面的研究很有帮助。

这方面的方向很多，比如二级，三级结构预测，结构比较，蛋白与蛋白，蛋白与核酸相互作用，分子结构模拟等。

你可以看看这方面的书，再此基础上再多看看现在的好的国际杂志上的有关文章就会有所体会。

我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系，上次报告给我们讲了一下。

上研的时候选择了理论，但现在不知道理论的价值在哪里？真是很迷茫...vivalk wrote:我知道一个校友在康奈尔做蛋白质结构与功能的关系，上次报告给我们讲了一下。

他们好像有个孔洞理论，很有新意，可以查一查。

蛋白质的数学理论应该是很有趣的

蛋白质结构

蛋白质的结构可分为四级，一级结构是由氨基酸通过肽键形成肽链，可以看出组成的氨基酸。

二级结构是一级结构通过非共价键形成的。

有α螺旋，β折叠，β转角，无规卷曲 三级结构是二级结构通过非共价键形成的 四级结构也是通过非共价键形成的，四级结构中的每一条肽链又称亚基

如何根据新蛋白序列测定新蛋白质结构

仅凭蛋白中一级序列还不能直接确定蛋白三维结构，但是可以通过软件在线预测蛋白的二级结构以及高级结构。

当然，如果能查到该蛋白的同源蛋白（BLAST后相似度在60%以上的），那么我们对该蛋白的三维结构会有个轮廓性的认识，还需做进一步的结构解析工作，比如X射线衍射蛋白晶体，核磁共振等。

试述蛋白质三维结构预测的三类方法

（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型，序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型；（2）在已知结模板的序列一致率小于25%时，使用折叠识别方法进行预测；（3）在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。

目前，目前关于蛋白质的空间结构的预测有哪些方法和手段，效果如何？

1、通过实验的方法预测蛋白质结构，即对蛋白质晶体使用X射线衍射或核磁共振，得到晶体电子密度等方面的信息，从而分析蛋白质结构。

这是结构生物学的方法。

该方法结果准确可信，但是工作量大，难度也比较高。

例如要结晶得到纯度高的蛋白质晶体有时候是很困难的，各种条件要慢慢摸索，往往要靠运气。

2、用计算机程序，根据已有的蛋白质序列只是推测未知蛋白的结构。

因为蛋白质序列有保守性，而且一定的序列其折叠方式是有规律的。

这样的方法依靠好的算法，推测结构速度比较快，但是精确性比较差。