蛋白结构预测推荐几个模拟构建蛋白质结构的软件

急求解答：蛋白质二级结构的预测的方法？

二级结构预测的方法大体分为三代：①第一代是基于单个氨基酸残基统计分析：从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。

②第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析：统计的对象是氨基酸片段，片段的长度通常为11-21个。

片段体现了中心残基所处的环境。

③第三代方法（考虑多条序列）运用长程信息和蛋白质序列的进化信息，准确度有了比较大的提高。

蛋白质二级结构预测方法：首先预测蛋白质的结构类型，然后再预测二级结构。

①经验参数法：是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。

通过统计分析，获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。

②GOR方法：是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法。

GOR将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理；GOR方法不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的影响，而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响

③Lim方法-立体化学方法：氨基酸的理化性质对二级结构影响较大，在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质。

④同源分析法：将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段进行相似性比较，利用打分矩阵计算出相似性得分，根据相似性得分以及数据库中的构象态，构建出待预测片段的二级结构。

该方法对数据库中同源序列的存在非常敏感，若数据库中有相似性大于30%的序列，则预测准确率可大大上升。

⑤更为合理的方法：是将待预测二级结构的蛋白质U与多个同源序列进行多重比对，对于U的每个残基位置，其构象态由多个同源序列对应位置的构象态决定，或取出现次数最多的构象态，或对各种可能的构象态给出得分值。

⑥综合方法：综合方法不仅包括各种预测方法的综合，而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分类预测结果等信息的综合。

多个程序同时预测，综合评判?一致结果；序列比对与二级结构预测；双重预测。

蛋白质二级结构预测的方法与原理？二级结构预测的网站有哪些

传统的观点认为，蛋白质的一级结构决定它的三维结构，也就决定了其功能。

因此，常通过已知的蛋白质序列比对来预测未功能，或者是通过序列来预测蛋白质的一些功能。

例如，分析所获序列是否与已知蛋白质序列相似；所获序列是否含有特殊蛋白质家族...

蛋白质结构功能研究的最新方法有哪些？

蛋白质结构研究方法进展 X-射线晶体学技术 核磁共振衍射技术 电子显微技术 质谱法 荧光共振能量转移技术（FRET） 同源建模预测蛋白质结构 酵母双杂交，三杂交 CO-IP 双向电泳 目前已经有许多蛋白质结构预测服务通过因特网对公众免费开放。

由于结构预测技术本身的局限性，每种预测服务都各有得失。

三级结构预测（同源建模）： ? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL ? 丹麦技术大学生物序列分析中心 CPHmodels ? 比利时拿摩大学 ESyPred3D ? 英国癌症研究中心 3DJigsaw 二级结构预测（折叠识别）： ? 美国哥伦比亚大学 PredictProtein ? 英国瓦卫克大学 PSIpred ? 印度昌迪加尔的微生物技术研究所 APSSP ? 欧洲生物信息研究所（EBI）Jpred ? 美国加利福尼亚大学 SSpro α－螺旋倾向性预测（从无到有）： ? 欧洲分子生物学实验室(EMBL) AGADIR 参考文献： [1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter Güntert2 Optimal e labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) | doi:10.1038/nature04525 [2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7 [3]刘买利 张许叶朝辉 提高生物大分子NMR分辨率和灵敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波谱学杂志2004.9 371-381 [4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的电子显微学[M ]. 见:叶恒强,王元明编. 电子显微学进展. 北京:科学出版社, 2003. [5]王大能,陈勇,隋森芳. 电子显微学在结构生物学研究中的新进展. 电子显微学报, 2003, 10. [6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing [7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786. [8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.

有没有根据序列预测蛋白质结构的软件

当然有根据序列预测蛋白质结构的软件 比如nnPredict，预测全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二级结构 PredictProtein，提供了序列搜索和结构预测服务。

先搜索相似序列，然后构建多序列比对的轮廓，再在数据库中搜索相似的轮廓，然后用一套PHD程序来预测相应的结构特征，包括二级结构。

返回的结果包含大量预测过程中产生的信息，还包含每个残基位点的预测可信度。

推荐几个模拟构建蛋白质结构的软件

你是说做出一个蛋白质结构模型呢 还是说看蛋白质的空间结构的软件的呢 都说了吧： 由一条序列做出一个蛋白质结构模型最常用的方法是同源模建，软件有modeller（比较专业） swiss-pdb-viewer（本地提交在线预测结构的） 看蛋白质空间结构图的软件有：pymol ，rasmol ，vmd 还有上面这个swiss-pdb-viewer 也可以看。