转录组数据分析转录组分析的详细过程 想知道后续分析所用的软件及过程

基因组，转录组，蛋白组有什么区别，相互关系是咋样的

基因组，转录组，蛋白组有什么区别，相互关系是咋样的 组学omics,研究的是整体.按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学.基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,

请问在华大做的转录组测序，得到的结果该怎么分析？就给了一堆序列，该怎么分析呢？

是有参考基因组的还是de novo的结果，如果有参考基因组的，那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因，序列信息需要在参考基因组中查找，如果是没有参考基因组的，那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。

求问各位转录组分析高手，转录组测序与RNA-seq（quantification） 有什么区别，从原理上和适用性上？感谢

转录组测序与 RNA-seq前期实验样本的处理是没有差别的，主要是测序量的不同及生物信息侧重点的不同，相对来说，转录组测序适合于大物种及基因组参考序列相对来说较差的物种，以及无参考基因组的物种，而RNA-seq 更适合于参考基因相对明确，老师只想寻找基因表达差异的物种样本，如拟南芥 等 。

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性 提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。

加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用Illumina HiSeq? 2000进行测序。

如何进行转录组数据分析？

首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？ 芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。

若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。

然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。

希望有高手来评价---说的不对的尽管指出。

OVER.

转录组分析的详细过程 想知道后续分析所用的软件及过程

测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等） 短序列mapping至参考基因组序列 基因功能注释 基因结构分析 可变剪切分析 基因表达差异分析（不少于两个样品 预测新的基因