碱基linode

OxfordNanoporeTechnologies英国地址:OxfordSciencePark,OxfordOX44GA,UKsupport@nanoporetech.
comwww.
nanoporetech.
comGridIONX5的IT和现场要求供现场安装和操作使用v02017年12月GridIONX5的IT要求清单此清单代表了在贵机构中安装GridION的最低要求.
如需这些要求的完整解释,请继续阅读本文档.

v02017年12月2项目/设置要求原因所提供的以太网:以1GB速度运行的RJ45端口,同时运行DHCP服务连接到IT基础设施和互联网以太网:HTTPS/TCP443端口接入列于http://docs.
aws.
amazon.
com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.
html的AWSeu-west-1IP地址范围遥测反馈,EPI2ME分析以太网:HTTPS/TCP443端口及HTTP/TCP80端口接入Linode托管的IP地址:178.
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200,96.
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215及106.
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102,用于软件分发软件更新外部设备:USB鼠标GridION控制外部设备:USB键盘GridION控制外部设备:DisplayPort/HDMI兼容显示器和电源线GridION控制电源:可提供600W的电源GridION电源GridIONX5设备概述GridIONTMX5是一款用于纳米孔测序的台式装置,设计上支持运行和分析多达五个MinION测序芯片.
非常适合有多个项目需要利用纳米孔测序优势的实验室:-简化文库制备-实时分析-来自长读长的生物学洞察此外,GridIONX5还允许用户提供纳米孔测序服务.
GridIONX5得益于包含的机载计算,该机载计算支持数据采集、分析和反馈、碱基识别、数据传输和设备控制,所有这些都不会给现有IT基础设施带来任何额外负担.
GridIONX5上的所有控制、碱基识别、分析和编排均由OxfordNanoporeTechnologies和Metrichor预装的定制软件执行.
使用GridIONX5时的默认数据分析工作流程如下:组件规格操作系统-运行Ubuntu16.
04,英特尔CPU-建议客户及时更新所有软件和安全补丁设备控制数据采集碱基识别后续数据分析图1:GridION设备默认数据分析工作流程规格GridIONX5围绕简单的用户界面设计,该设计依托于能提供实时分析解决方案的尖端定制电子产品:3v02017年12月存储-4TB内置固态硬盘内存-64GB随机存储器(RAM)尺寸及重量-高220x宽365x深370mm-11kg环境温度范围--5°C到+40°C现场要求在贵机构中安装GridIONX5类似于安装任何新计算机,其要求如下:组件要求1xRJ45端口2x电源1x显示器1x键盘-经由DHCP服务或静态分配的IP地址-运行于HTTP80端口和HTTPS443端口的TCP-需要外围防火墙权限:o访问列于https://ip-ranges.
amazonaws.
com/ip-ranges.
json的AWSeu-west-1IP地址范围,用于遥测反馈和EPI2ME分析o访问178.
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200,96.
126.
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215及106.
187.
40.
102,用于软件更新1x鼠标-与USB连接兼容,用于GridION交互网络解释防火墙权限的两个要求是:1.
通过443端口接入AWSeu-west-1区域进行遥测反馈并使用EPI2ME平台2.
访问Linode托管的IP地址178.
79.
175.
200,96.
126.
99.
215及106.
187.
40.
102进行软件分发v02017年12月4-1x用于GridION,设备随附C13电缆oGridION的最大功耗为600W-1x用于显示器电源-与HDMI/DisplayPort连接兼容,用于GridION交互-与USB连接兼容,用于GridION交互遥测遥测信息由MinKNOW测序运行根据"条款和条件"收集,以便监测实验性能,并在故障排除案例中提供支持.
其中一些信息取自于自由格式的文本输入字段,因此不应包含个人身份信息.
不收集测序数据.

Metrichor的EPI2ME平台托管在AWS中,为多个应用提供基于云的分析解决方案.
使用这个平台需要用户从EPI2ME代理上传.
fast5或.
fastq格式的测序数据,然后通过EPI2ME门户中定义的流程进行处理.
从EPI2ME下载的内容或是数据+遥测格式,或是遥测格式.
遥测信息用于写入EPI2ME门户内的报告.

软件更新根据您的地理区域,178.
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200、96.
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215或106.
187.
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102中仅一个会用于提供设备软件更新.
更新作为拉取请求被触发,因此需要仅出站访问.
所含软件OxfordNanoporeTechnologies创建并提供了多款涉及采集、编排和分析的软件类型:MinKNOWAlbacoreGuppyDogfishEPI2ME(由Metrichor创建)MinKNOWMinKNOW执行几项核心任务:数据采集实时分析和反馈数据传输设备控制,包括运行参数选择样本鉴定和追踪确保化学反应正常进行MinKNOW采用直观的图形用户界面(GUI)并定期接收更新,是OxfordNanopore提供的核心软件,没有它,测序设备就无法运行.
来自MinKNOW的数据被打包成独立的读长.
fast5文件(其中有超过100万可由v02017年12月5单个测序芯片生成),这是基于.
hdf5文件类型的定制文件格式.
而后这些.
fast5文件会被其它下游软件使用.
图2:MinKNOW图形用户界面(GUI)屏幕截图示例.
允许选择和启动实验,以及提供关于实验进展的实时反馈.

AlbacoreAlbacore是OxfordNanopore提供的一款生成碱基识别的软件,使用命令行界面,采用最新的循环神经网络算法以解读来自纳米孔的信号数据,并对通过纳米孔的DNA或RNA进行碱基识别.
它实现了OxfordNanoporeTechnologies软件产品的稳定特性,并得到了OxfordNanoporeTechnologies的充分支持.
它接收.
fast5文件作为输入,并且能够生成:附碱基识别信息的.
fast5文件已处理的.
fast5文件,但碱基识别信息存在于一个独立的.
fastq文件中GuppyGuppy是OxfordNanopore提供的一款生成碱基识别软件,其核心代码与Albacore相同,但经过优化,可与碱基识别加速器一起运行,例如GPUs、FPGAs.
与Albacore不同的是,Guppy并不意在直接交互,而是利用Dogfish作为一个"代理",将传入的.
fast5文件分割给可用资源进行处理.

DogfishDogfish是GridIONX5上运行的一项服务,支持利用Guppy加速碱基识别,可通过命令行界面访问.

它监控来自MinKNOW的.
fast5文件,然后以允许使用集成碱基识别加速器的方式将它们传递给Guppy.

EPI2MEEPI2METM是OxfordNanopore的子公司Metrichor创建的后续数据分析平台.
它为用户提供实时分析,例如种属鉴定、比对工作流程和其它生物信息学解决方案.
它目前是作为基于云的分析平台提供,并通过v02017年12月6本地EPI2ME代理启动.
图3:EPI2ME代理.
安装在设备上,允许在EPI2ME门户中选择和启动工作流程.
用户将能够查看基本的实验统计数据,并使用准备好的工作流程,例如实时分类鉴定、参考比对等等.