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显示隐藏文件 时间:2021-04-12 阅读:()
如何使用命令行方式提交MS的计算作业Castep:1.
打开MS界面,建立相关模型,并且在Castep的Calculatiton对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行Castep计算工作,而要在Calculation对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行Castep的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于castep计算所需的.
cell文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,*.
cell、*.
param.
此外,需要将计算所需的赝势文件拷贝到SGIPrism相关路径下.
(在CASTEP|Calculation|Electronic的more下Potential中可以看到所使用的赝势文件,该文件的路径在Windows系统的\MSModeling3.
2\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials中,请将所出现的赝势文件全部拷贝到SGIPrism机器上,否则会导致计算失败)4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>/home/msi/ms/CASTEP/bin/RunCASTEP.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
param,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
DMol31.
打开MS界面,建立相关模型,并且在DMol的Calculatiton对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行DMol#计算工作,而要在Calculation对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行DMol3的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于DMol3计算所需的.
car和.
mdf文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,*.
car、*.
mdf、*.
kpoints、*.
input.
4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>dos2unix*.
*(将ASCII码格式文件转换为UNIX格式)>/home/msi/ms/DMol3/bin/RunDMol3.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
input,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
Discover1.
打开MS界面,建立相关模型,并且在Discover的Setup对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行Discover计算工作,而要在Minimizer或者Dynamics对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行Discover的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于Discover计算所需的.
car和.
mdf文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,如果进行MM计算,那么需要*.
car、*.
inp文件.
如果进行MD计算,那么需要*.
car、*.
mdf、*.
inp文件.
4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>dos2unix*.
*(将ASCII码格式文件转换为UNIX格式)>/home/msi/ms/Discover/bin/RunDiscover.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
inp,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
AmorphousCell同DiscoverReflex目前无法从命令行方式进行计算.
打开MS界面,建立相关模型,并且在Castep的Calculatiton对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行Castep计算工作,而要在Calculation对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行Castep的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于castep计算所需的.
cell文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,*.
cell、*.
param.
此外,需要将计算所需的赝势文件拷贝到SGIPrism相关路径下.
(在CASTEP|Calculation|Electronic的more下Potential中可以看到所使用的赝势文件,该文件的路径在Windows系统的\MSModeling3.
2\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials中,请将所出现的赝势文件全部拷贝到SGIPrism机器上,否则会导致计算失败)4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>/home/msi/ms/CASTEP/bin/RunCASTEP.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
param,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
DMol31.
打开MS界面,建立相关模型,并且在DMol的Calculatiton对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行DMol#计算工作,而要在Calculation对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行DMol3的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于DMol3计算所需的.
car和.
mdf文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,*.
car、*.
mdf、*.
kpoints、*.
input.
4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>dos2unix*.
*(将ASCII码格式文件转换为UNIX格式)>/home/msi/ms/DMol3/bin/RunDMol3.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
input,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
Discover1.
打开MS界面,建立相关模型,并且在Discover的Setup对话框中设置相关参数;2.
不要单击Run进行Discover计算工作,而要在Minimizer或者Dynamics对话框中选择Files->SaveFiles,此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录,其中包括了使用命令行运行Discover的输入文件;3.
使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.
files\Documents下),能够看到所需要的输入文件.
注意,由于Discover计算所需的.
car和.
mdf文件是隐藏文件,因此需要在"工具|文件夹选项"中选择"显示隐藏文件".
将以下文件拷贝到SGIPrism的相关路径下,如果进行MM计算,那么需要*.
car、*.
inp文件.
如果进行MD计算,那么需要*.
car、*.
mdf、*.
inp文件.
4.
使用帐号登陆到SGIPrism下,进入相关文件夹(文件夹中包括刚才所有的文件),并执行命令:>chmod777*.
*>dos2unix*.
*(将ASCII码格式文件转换为UNIX格式)>/home/msi/ms/Discover/bin/RunDiscover.
sh-npnseedname注:-np表示使用多CPU进行并行运算;n表示所使用的CPU数目seedname表示计算作业的名称,例如相关参数文件为Al.
inp,则Seedname为Al,不带后缀名5.
计算完成后,请将该目录中所有的文件下载到本地机器上,并放到刚才在Visualizer下新建的目录中;6.
在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键,选择刷新,即可看到刚才所有计算得到的结果,并可在MS中进行分析.
AmorphousCell同DiscoverReflex目前无法从命令行方式进行计算.
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