作业IBM服务器用户使用说明 - 固体表面物理化学国家重点实验室.doc

IBM服务器用户使用说明

1.集群介绍

整套集群由四部分组成 Power 720管理登录节点+5台Power 755计算节点(128进程/台)+10台Intel Xeon系列计算节点(24进程/台)+DS5020存储系统。

2.作业管理

Power 755计算节点是IA64结构 Inte l Xeon计算节点是X86_64结构。整套集群安装了两套作业管理软件 IBM Load Le ve ler和P BS(Torque)。Load Le ve ler用来管理Power 755计算节点上的作业 Torque用来管理Intel Xeon系列计算节点上的作业。

2.1 LoadLeveler

在Power 755这些节点上可以运行的软件有 Gaussian Gamessmolcas和mo lpro.

2.1.1 Gaussian 版本Gaussian 09,Revision B.01

1.编写作业卡文件名jobname.com(文件后缀一定为com)

2.提交命令 $q09 NPP jobname (NPP代表并行进程数 jobname为作业文件名不需后缀)

例如 $q09 16 au2 (它将为作业au2.com分配16个并行进程作业结束后生成结果文件au2.o ut)

3.如不记得输入参数可提交命令$q09,它会出现Usage:q09 NPP jobname!

4. 由于计算结点上最大为128进程并且Gaussian并行效率不高 因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8, 16,32,64为好。

5.Gaussian的临时区设在/gp fs/scratch中,该区文件随时可能清空。

2.1.2 Gamess 版本GAMESS VERSION= 1 OCT 2010(R3)

1.编写作业卡文件名j ob na me.inp(文件后缀一定为inp)

2.提交命令$qgms NPP jobname (NPP代表并行进程数jobname为作业文件名不需后缀)

例如 $qgms 16 au2 (它将为作业au2.inp分配16个并行进程作业结束后生成结果文件au2.lo g)

3.如不记得输入参数可提交命令$qgms,它会出现Usage: qgms NPPjobname!

4. 由于计算结点上最大为128进程 因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8, 16为好。

5.Games s的临时区设在/gp fs/s cratch中,该区文件随时可能清空。

2.1.3 Molpro 版本Molpro Version 2010.1 linked 17 Jun 2011 12:31 :42

1.编写作业卡文件名jobname 可不用后缀

2.提交命令 $qmolpro jobname (jobname为作业文件名)

例如 $qgms au2 (它将为作业au2分配进程作业结束后生成结果文件au2.o ut)

3.如不记得输入参数可提交命令$qmo lpro,它会出现

Usage:qmo lpro jobname!

4. 由于AIX编译问题 目前只能运行单进程作业。

2.1.4 Molcas 版本Molcas Version version7.4 patch level045

1.编写作业卡文件名j ob na me.inp ut 可不用后缀

2.提交命令$qmolcas NPP jobname (NPP代表并行进程数jobname为作业文件名不需后缀)

3.如不记得输入参数可提交命令$qmolcas,它会出现Usage:qmolcas NPPjobname!

4. 由于计算结点上最大为128进程 因此希望在试运行期间提交作业NPP设为8, 16为好。

2.1.5其它程序作业投交方式

以上程序简单命令方式都是通过编写合适脚本由lls ub mit提交其它程序可参见以上脚本写出具体可见路径 /home/apps/bin

2.1.6监控作业和结点状态及取消作业命令

通过llstatus命令可以查看服务器节点使用情况类似于我们经常使用的shownodes和pbsnodes示例如下

查看运行作业要使用llq命令

例如 llq–u user可以看到用户user作业情况

如果要取消某个作业要使用llcancel命令类似于我们使用过的qdel命令。

例如 llcancel 2092 (将2092号进程取消)

试用期队列规则如下

1.使用队列

normal:时间限制7天默认队列

如有大作业需求可提出申请在其它队列使用

2.作业数限制

每用户最多同时运行8个作业, 8个排队作业。 每用户的作业数

运行的+排队的最多为16个。超过的作业将进入NQ Not Queued状态即处于非排队状态。

3.作业类型限制

不通过作业调度系统提交的作业将被杀掉。

脚本文件不正常的作业将被杀掉。

4.队列规则会根据用户意见和实际使用情况做相应调整

2.2 Torque

在10台Intel Xeon系列计算节点上可以做Material Studios方面的计算提交作业的命令是qdmo l和qcastep使用qstat来查看作业情况使用qde l来删除作业。

2.2.1 Dmol: 版本MS 5.5

1. 通过客户端生成作业卡文件名jobname.* (包括一系列文件)

2.提交命令 $qdmol nodes PPN jobname (nodes代表计算结点数目PPN代表并行进程数 jobname为作业文件名不需后缀)

例如 $qdmol 224 au2 (它将为作业au2.*分配在两个计算结点上每个计算结点24个并行进程作业结束后生成结果文件)

3.如不记得输入参数可提交命令$qdmol,它会出现Usage: qdmol nodesPPN jobname!

4. 由于计算结点上最大为24进程。

2.2.2 CASTEP: 版本MS 5.5

1. 通过客户端生成作业卡文件名jobname.* (包括一系列文件)

2.提交命令 $qcastep nodes PPN jobname (nodes代表计算结点数目PPN代表并行进程数 jobname为作业文件名不需后缀)

例如 $qcastep 224 au2 (它将为作业au2.*分配在两个计算结点上每个计算结点24个并行进程作业结束后生成结果文件)

3.如不记得输入参数可提交命令$qcastep,它会出现Usage:qcastep nodesPPN jobname!

4. 由于计算结点上最大为24进程。

2.2.3其它程序作业投交方式

以上程序简单命令方式都是通过编写合适脚本由qsub提交其它程序可参见以上脚本写出.