命令linux查看进程

中科院计算机网络信息中心超级计算中心ScGrid应用编写编译使用指南2013/04/16版权所有2010-2013年:中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心ScGrid应用编写编译使用指南2014-3-10中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-2登录方式请参考《中国科学院超级计算环境使用说明》,登录http://www.
scgrid.
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编写、编译和执行程序需求说明用户需要编写程序,或者安装/改造开源的程序;在编写或者修改程序之后,采用适当的编译器编译,并链接正确的程序库,形成可执行程序;最后以作业方式提交计算,并查看结算结果.
在超算服务器上,一般来讲,用户自编写的程序以并行程序为主.
用户使用指南1、创建工作目录,准备程序文件.
用户在主目录下创建程序的工作目录;如果事先有一个程序包,可以通过scp或者sftp协议传输到网格服务器的该工作目录下;用户可以通过ls,cd,vi,head,tail等linux常用的文件和目录操作命令处理程序文件.
2、查看和设置编译环境使用网格命令scelib可以查看到当前操作的超算服务器的编译环境信息.
选项–hhpcname查看给定目标集群的编译器和链接库安装信息,可用集群的名字(hpcname)可以通过网格命令listnodes查看,当前工作的集群名字可以通过命令setHOST查看.
选项-nsoftname查看指定编译器或者链接库的名字的基本信息.
选项-L查看安装路径.
选项-l查看具体的编译命令或者链接选项提示.
3、上传文件至当前HOST设置的计算资源用户可根据命令listnodes和scelib选定所操作的计算资源,通过命令setHOST=hpcname设定在HOST环境中,设置成功之后该名字将出现在命令提示符中.
在任何HPC文件操作之前需将文件上传至所操作的HPC,使用命令sceput,参数是需要上传的文件名字,也支持*,表示上传当前目录的所有文件.
上传之后使用命令scels可以查看到HPC上的文件列表,使用命令scecatfilename可以查看文件内容.
4、编译程序ScGrid应用编写编译使用指南2014-3-10中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-3使用网格命令scemake在目标工作机上编译程序.
如果程序原本是make机制编译,直接使用scemake命令替换原来的make命令即可,比如scemakeclean,scemakeall等等.
如果程序原本是通过一个shell脚本编译,使用命令scemake–Escriptfile实现编译.
如果原本编译过程由一系列编译命令组成,建议将此过程形成一个shell脚本.
选项-cxxx.
gcd会根据gcd文件中列出的软件设置编译相关的环境变量.
选项-fxxx.
t,是使用编译宏替换工作方式.
gcd文件和t文件格式说明具体请参考《SCEClient用户手册》.
如果比较简单的程序编译,只需要一个类似mpicc的编译命令的情况下,可以使用命令sceappmpijob.
openmpimpiccxxx.
c编译,mpijob.
openmpi可以通过listres查看到,其他可用的MPI还有mpijob.
intelmpi和mpijob.
mpich.
当然这个命令有些长,用户可以根据自己常用的MPI定义别名,比如执行aliaspp=sceappmpijob.
openmpi,那么以后的编译就可以执行ppmpiccxxx.
c即可.
5、提交计算任务使用网格命令bsub提交作业,格式和LSF的bsub命令基本呢类似,不支持-a(指定mpi类型).
如果是串行程序,在bsub的command参数前面加generic,如果是并行程序,根据MPI类型的不同在bsub的command参数前面加mpijob.
intelmpi/mpijob.
openmpi/mpijob.
mpich,具体名字可以通过网格命令listres查看到.
指定队列的选项格式为-qhpcname@queuename,hpcname可以通过命令setHOST查看到.
执行串行程序可用的队列名字可以通过命令listresgeneric查看到,执行并行程序的可用队列名字同样通过listres查看,只是参数根据MPI类型不同而不同,mpijob.
intelmpi/mpijob.
openmpi/mpijob.
mpich.
如果不指定-q选项,那么网格系统会自动选择一个该应用可用的队列提交计算任务.
如果不指定-W,默认作业最大执行时间为5分钟,否则需要通过-W指定作业估计执行时间,支持-W小时:分钟的格式,比如-W1:00是指一个小时.
bsub命令返回用户作业ID号,即UJID.
6、查看作业状态使用网格命令bjobs可以查看作业的基本信息(包括作业状态).
作业状态为DONE的表示该作业正常执行结束.
选项-l列出作业的详细信息.
终止作业使用网格命令bkill,参数为bsub返回的作业号.
7、下载结果文件经过调试和计算之后,所有结果文件均产生于所操作的HPC集群上,使用scels命令可以查看文件列表,使用scecat或者scetail命令可以查看文件内容,如需下载处理,需使用sceget命令下载到网格家目录中(参数是选定的文件名),然后如果用户需要将计算结果文件或者程序文件从网格服务器上下载,可以通过scp或者sftp协议传输.
ScGrid应用编写编译使用指南2014-3-10中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-4实例流程以编译并行版的生物计算程序P_InsPecT为例,说明在网格命令行使用环境中如何编写、编译和执行程序.
1、在主目录下创建目录projects/P_InsPect.
2、通过一个scp协议客户端工具WinSCPPortable访问网格服务器,将P_InsPect程序文件上传至目录projects/P_InsPect.
3、如果需要,可以使用ls/vi/cd/cat/tail/head等常用linux文件操作命令查看或者修改目录projects/P_InsPect下的程序文件.
4、程序修改完毕需要编译之前,使用sceput*命令上传当前目录所有文件至HOST设定的HPC中.
5、执行setHOST查看当前工作集群服务器的名字为deepcomp7000,执行scelib–hdeepcomp7000–kMPI查看mpi的安装信息,执行scelib–hdeepcomp7000–ngnu_compiler查看GNU编译器的安装情况.
满足程序编译需求.
ScGrid应用编写编译使用指南2014-3-10中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-56、该程序提供了Makefile,因此执行scemake编译程序.
执行scmeakeclean可以清除编译结果.
7、使用scels等linux文件操作命令查看编译结果的可执行文件.
8、执行bsub命令提交作业.
9、执行bjobs查看作业状态ScGrid应用编写编译使用指南2014-3-10中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-610、使用scels/cd/scevi/scecat/scetail等网格文件操作命令可以查看作业结果xntest/xnout,使用命令scegetxntest/xnout可将文件从HPC下载至网格家目录,如有进一步处理的需求,可使用scp协议客户端工具WinSCPPortable可以下载该结果文件至用户机器的本地磁盘.