结点p图软件哪个好
p图软件哪个好 时间:2021-01-21 阅读:()
软件使用指南2009年3月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心1目录软件使用指南.
1目录.
21.
软件介绍.
32.
软件的安装与测试.
32.
1安装目录及安装信息.
32.
2测试结果.
33.
软件的运行使用方法.
521.
软件介绍2.
软件的安装与测试2.
1安装目录及安装信息安装目录:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1数据目录:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/cpmd-test用intelmpi及intelmkl编译而成2.
2测试结果m(n,n):表示在两个结点上各用n个cpu,共m个进程测试1:cpmd-test下的femd数据CPU数wallclockCPU加速比1533s2300s2(1,1)327s3(1,1,1)252s4178s4(2,2)190s4(1,1,1,1)186s8129s8(4,4)123s8(2,2,2,2)124s9(3,3,3)126s10(2,2,2,2,2)124s15(3,3,3,3,3)128s16(8,8)97s16(4,4,4,4)78s18(6,6,6)97s20(4,4,4,4,4)86s24(8,8,8)141s24(6,6,6,6)124s25(5,5,5,5,5)118s30(6,6,6,6,6)129s32(8,8,8,8)123s335(7,7,7,7,7)158s40(8,8,8,8,8)169s测试2:cpmd-test/linear-scaling/inp-2CPU数wallclockCPU加速比16632s23709s2(1,1)3300s3(1,1,1)2208s42509s4(2,2)1800s4(1,1,1,1)1650s5(1,1,1,1,1)1281s82037s8(4,4)979s8(2,2,2,2)758s9(3,3,3)720s10(2,2,2,2,2)623s15(3,3,3,3,3)451s16(8,8)968s16(4,4,4,4)464s18(6,6,6)559s20(4,4,4,4,4)329s24(8,8,8)517s24(6,6,6,6)364s25(5,5,5,5,5)346s30(6,6,6,6,6)320s32(8,8,8,8)440s35(7,7,7,7,7)360s40(8,8,8,8,8)285s测试2:cpmd-test/pert/H2O_liqCPU数wallclockCPU加速比122(1,1)3(1,1,1)44(2,2)4(1,1,1,1)5(1,1,1,1,1)7(1,1,1,1,1,1,1)89964s8(4,4)48(2,2,2,2)9(3,3,3)10(2,2,2,2,2)2880s15(3,3,3,3,3)1627s16(8,8)16(4,4,4,4)18(6,6,6)20(4,4,4,4,4)1196s21(3,3,3,3,3,3,3)24(8,8,8)2304s24(6,6,6,6)1673s24(4,4,4,4,4,4)25(5,5,5,5,5)1387s28(4,4,4,4,4,4,4)987s30(6,6,6,6,6)1335s32(8,8,8,8)1806s35(7,7,7,7,7)1511s35(5,5,5,5,5,5,5)832s40(8,8,8,8,8)1253s42(6,6,6,6,6,6,6)1232s3.
软件的运行使用方法以运行femd数据为例:1.
进入cpmd-test/femd/2.
mpirun–machinefileHOSTFILE–npNPROCS/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1/cpmd.
x.
/al001geo.
inp>OUT4.
运行建议Cpmd的并行效果很好,但是在多核平台上效率未必很好,建议在扩大进程规模的同时也扩大运行结点的范围,可能在当前刀片上一个结点至多跑4个进程即可5.
作业提交登录到LB结点之后,进入到数据所在目录,用bsub提交作业:bsub-WMIN-nNPROCS–aintelmpi-qQUEUE-e%J.
err-o%J.
outmpirun.
lsf"/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1/cpmd.
x.
/al001geo.
inp"MIN:为作业估计的运行时间(分钟)NPROCS:作业进程数56QUEUE:目标队列al001geo.
inp:数据文件,举例用,以实际文件为准
1目录.
21.
软件介绍.
32.
软件的安装与测试.
32.
1安装目录及安装信息.
32.
2测试结果.
33.
软件的运行使用方法.
521.
软件介绍2.
软件的安装与测试2.
1安装目录及安装信息安装目录:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1数据目录:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/cpmd-test用intelmpi及intelmkl编译而成2.
2测试结果m(n,n):表示在两个结点上各用n个cpu,共m个进程测试1:cpmd-test下的femd数据CPU数wallclockCPU加速比1533s2300s2(1,1)327s3(1,1,1)252s4178s4(2,2)190s4(1,1,1,1)186s8129s8(4,4)123s8(2,2,2,2)124s9(3,3,3)126s10(2,2,2,2,2)124s15(3,3,3,3,3)128s16(8,8)97s16(4,4,4,4)78s18(6,6,6)97s20(4,4,4,4,4)86s24(8,8,8)141s24(6,6,6,6)124s25(5,5,5,5,5)118s30(6,6,6,6,6)129s32(8,8,8,8)123s335(7,7,7,7,7)158s40(8,8,8,8,8)169s测试2:cpmd-test/linear-scaling/inp-2CPU数wallclockCPU加速比16632s23709s2(1,1)3300s3(1,1,1)2208s42509s4(2,2)1800s4(1,1,1,1)1650s5(1,1,1,1,1)1281s82037s8(4,4)979s8(2,2,2,2)758s9(3,3,3)720s10(2,2,2,2,2)623s15(3,3,3,3,3)451s16(8,8)968s16(4,4,4,4)464s18(6,6,6)559s20(4,4,4,4,4)329s24(8,8,8)517s24(6,6,6,6)364s25(5,5,5,5,5)346s30(6,6,6,6,6)320s32(8,8,8,8)440s35(7,7,7,7,7)360s40(8,8,8,8,8)285s测试2:cpmd-test/pert/H2O_liqCPU数wallclockCPU加速比122(1,1)3(1,1,1)44(2,2)4(1,1,1,1)5(1,1,1,1,1)7(1,1,1,1,1,1,1)89964s8(4,4)48(2,2,2,2)9(3,3,3)10(2,2,2,2,2)2880s15(3,3,3,3,3)1627s16(8,8)16(4,4,4,4)18(6,6,6)20(4,4,4,4,4)1196s21(3,3,3,3,3,3,3)24(8,8,8)2304s24(6,6,6,6)1673s24(4,4,4,4,4,4)25(5,5,5,5,5)1387s28(4,4,4,4,4,4,4)987s30(6,6,6,6,6)1335s32(8,8,8,8)1806s35(7,7,7,7,7)1511s35(5,5,5,5,5,5,5)832s40(8,8,8,8,8)1253s42(6,6,6,6,6,6,6)1232s3.
软件的运行使用方法以运行femd数据为例:1.
进入cpmd-test/femd/2.
mpirun–machinefileHOSTFILE–npNPROCS/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1/cpmd.
x.
/al001geo.
inp>OUT4.
运行建议Cpmd的并行效果很好,但是在多核平台上效率未必很好,建议在扩大进程规模的同时也扩大运行结点的范围,可能在当前刀片上一个结点至多跑4个进程即可5.
作业提交登录到LB结点之后,进入到数据所在目录,用bsub提交作业:bsub-WMIN-nNPROCS–aintelmpi-qQUEUE-e%J.
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lsf"/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/cpmd/CPMD-3.
11.
1/cpmd.
x.
/al001geo.
inp"MIN:为作业估计的运行时间(分钟)NPROCS:作业进程数56QUEUE:目标队列al001geo.
inp:数据文件,举例用,以实际文件为准
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