lncrna引物设计RNA引物的介绍

如何利用生物信息学筛选目的lncrna

给你一个大致的筛选标准： （1）选择长度≥200bp，Exon个数≥2的转录本； （2）通过计算每条转录本的Reads覆盖度，选择Reads最小覆盖 度≥3的转录本； （3）去除已知的mRNA转录本(通过和已有注释文件比对) （4）去除已知的非编码RNA转录本（比对一些已有的lncRNA数据库了） （5）去除有蛋白家族的转录本（能够注释到Pfam数据库）； （6）去除有编码潜能的RNA（CNCI，CPC，这两款软件都可以给出一个编码能力的预测）

RNA引物是什么

由DNA聚合酶和RNA聚合酶的特性决定的。

DNA聚合酶不能从头合成DNA（需要引物DNA or RNA），因为DNA聚合酶具有高保真系统，这个系统要求，在新链的延伸过程中，只有新添加的碱基与模板链形成双螺旋才能继续链的延伸，否则延伸终止，启动切除修复机制，直至添加正确的碱基，也即是在DNA聚合酶的上游位置一定要互补形成双链（可以是RNA-DNA）才能继续下游DNA的合成，这是它的忠实性和高保真系统决定的。

而RNA聚合酶可以从头合成RNA，合成的RNA游离在模板外，不需要与模板形成互补配对的双螺旋结构就能继续下游的合成。

两种酶的不同机制决定了DNA复制时用的只能是RNA引物。

PCR反应中所用到的DNA引物，是用化学法人工合成的，与模板形成双链后在DNA聚合酶的作用下就可以继续链的延伸；而在体内，由于DNA聚合酶的忠实性，不能从头合成DNA，因此只能采用RNA引物来延伸了。

如何研究lnc-rna的核心功能序列

RNA主要分三类，即tRNA（转运RNA）， rRNA（核糖体RNA）， mRNA（信使RNA）。

mRNA是合成蛋白质的模板，内容按照细胞核中的DNA所转录； tRNA是mRNA上碱基序列（即遗传密码子）的识别者和氨基酸的转运者； rRNA是组成核糖体的组分，是蛋白质合成的工作场所。

RNA引物的介绍

RNA引物(RNA primer)，是一小段单链DNA或RNA，长度大约为10个（5~15个）核苷酸,作为DNA复制的起始点，存在于自然中生物的DNA复制，引物（DNA，RNA的） primer 指在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链，在引物的3′-OH上，核苷酸以二酯链形式进行合成，因此引物的3′-OH，必须是游离的。