targetscan如何筛选目的基因的miRNA

targetscan  时间:2021-06-04  阅读:()

求个肺癌相关 miRNA数据库,最好是中文的,求个链接

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了: (1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。

目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。

(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。

整合多个靶标预测软件的调控关系。

(5) targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。

是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。

而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。

是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。

该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site essibility)和自由能预测microRNA的靶标。

是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。

网址: (8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。

是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。

IBM公司的研究团队开发的。

(9) miRanda和:是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。

miRanda的最新版本又叫mirSVR。

(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。

(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

(12) miRGator v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

(14) miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。

(17) Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

(18) miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

请专业的同学解释一下什么是polypharmacology多向药理学

Polypharmacology describes the activity pounds at multiple targets. Current research focuses on two aspects of polypharmacology: (1) unintended polypharmacology can lead to adverse effects; (2) polypharmacology across several disease-relevant targets can improve therapeutic efficacy, prevent drug resistance, or reduce therapeutic-target-related adverse effects. This perspective reviews these interconnected aspects of polypharmacology. The first part discusses the relevance of polypharmacology for the safety of drugs, the mitigation of safety risks, and methods to identify pounds early in the drug discovery process. The second part discusses the advantages of polypharmacology in the treatment of multigenic diseases and infections, and opportunities for drug discovery and drug repurposing. This perspective aims to provide a balanced view on polypharmacology, which promise the safety of drugs, but can also confer superior efficacy.

如何筛选目的基因的miRNA

你指的是寻找miRNA的靶基因位点吗? 一般都是利用生物信息学软件进行预测,但这种预测都是有局限性的,比如miRNA可能会与靶基因之间产生错配,这样会丢失一些靶基因,另外预测的都未经过实验的验证,还需要进行实验的验证来去伪存真。

当然植物可以使用降解组测序的方法来进行靶基因预测,原理就是植物中miRNA与mRNA往往是碱基近乎完全匹配来结合后将mRNA降解,剪切位点通常位于miRNA的第十位或第十一位碱基,被剪切后的片段可以通过建库后进行测序,可以真实的得到miRNA在mRNA上的作用位点的序列。

动物的就不行了,动物中一般是miRNA结合在mRNA上对mRNA翻译进行抑制,无法像植物那样得到其降解后的小片段进行测序验证

华纳云-618大促3折起,18元/月买CN2 GIA 2M 香港云,物理机高防同享,10M带宽独享三网直连,无限流量!

官方网站:点击访问华纳云活动官网活动方案:一、香港云服务器此次推出八种配置的香港云服务器,满足不同行业不同业务规模的客户需求,同时每种配置的云服务都有不同的带宽选择,灵活性更高,可用性更强,性价比更优质。配置带宽月付6折季付5.5折半年付5折年付4.5折2年付4折3年付3折购买1H1G2M/99180324576648直达购买5M/17331556710081134直达购买2H2G2M892444...

Cloudxtiny:£1.5/月,KVM-512MB/100GB/英国机房

Cloudxtiny是一家来自英国的主机商,提供VPS和独立服务器租用,在英国肯特自营数据中心,自己的硬件和网络(AS207059)。商家VPS主机基于KVM架构,开设在英国肯特机房,为了庆祝2021年欧洲杯决赛英格兰对意大利,商家为全场VPS主机提供50%的折扣直到7月31日,优惠后最低套餐每月1.5英镑起。我们对这场比赛有点偏见,但希望这是一场史诗般的决赛!下面列出几款主机套餐配置信息。CPU...

iWebFusion:独立服务器月付57美元起/5个机房可选,10Gbps服务器月付149美元起

iWebFusion(iWFHosting)在部落分享过很多次了,这是成立于2001年的老牌国外主机商H4Y旗下站点,提供的产品包括虚拟主机、VPS和独立服务器租用等等,其中VPS主机基于KVM架构,数据中心可选美国洛杉矶、北卡、本德、蒙蒂塞洛等。商家独立服务器可选5个不同机房,最低每月57美元起,而大流量10Gbps带宽服务器也仅149美元起。首先我们分享几款常规服务器配置信息,以下机器可选择5...

targetscan为你推荐
donghang东航科技公司 待遇怎么样决策树分析如何用SPSS生成决策树并对新数据进行预测分析cpu监控安卓手机有没有桌面悬浮窗的cpu监控软件视频压缩算法视频压缩原理vga接口定义vga线有几种国产操作系统下载国产操作系统要钱吗自定义表情qq自定义表情币众筹收益权众筹为什么有吸引力审计平台什么叫数据库审计系统?谷歌图片识别怎么通过一张GIF图在网上搜索出其出处(你们懂的...)以图搜图那个百度只找到了一模一样的..,有
yaokan永久域名经常更换 网易域名邮箱 80vps la域名 ssh帐号 北京主机 南昌服务器托管 idc资讯 1g空间 美国网站服务器 电信主机 四川电信商城 网通服务器 石家庄服务器托管 万网空间 博客域名 sonya 时间服务器 什么是dns 低价 更多