targetscan如何筛选目的基因的miRNA

targetscan  时间:2021-06-04  阅读:()

求个肺癌相关 miRNA数据库,最好是中文的,求个链接

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了: (1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。

目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。

(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。

整合多个靶标预测软件的调控关系。

(5) targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。

是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。

而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。

是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。

该文章位列miRNA相关文章引用Top5。

(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site essibility)和自由能预测microRNA的靶标。

是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。

网址: (8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。

是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。

IBM公司的研究团队开发的。

(9) miRanda和:是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。

miRanda的最新版本又叫mirSVR。

(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。

(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

(12) miRGator v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

(14) miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。

(17) Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

(18) miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。

(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

请专业的同学解释一下什么是polypharmacology多向药理学

Polypharmacology describes the activity pounds at multiple targets. Current research focuses on two aspects of polypharmacology: (1) unintended polypharmacology can lead to adverse effects; (2) polypharmacology across several disease-relevant targets can improve therapeutic efficacy, prevent drug resistance, or reduce therapeutic-target-related adverse effects. This perspective reviews these interconnected aspects of polypharmacology. The first part discusses the relevance of polypharmacology for the safety of drugs, the mitigation of safety risks, and methods to identify pounds early in the drug discovery process. The second part discusses the advantages of polypharmacology in the treatment of multigenic diseases and infections, and opportunities for drug discovery and drug repurposing. This perspective aims to provide a balanced view on polypharmacology, which promise the safety of drugs, but can also confer superior efficacy.

如何筛选目的基因的miRNA

你指的是寻找miRNA的靶基因位点吗? 一般都是利用生物信息学软件进行预测,但这种预测都是有局限性的,比如miRNA可能会与靶基因之间产生错配,这样会丢失一些靶基因,另外预测的都未经过实验的验证,还需要进行实验的验证来去伪存真。

当然植物可以使用降解组测序的方法来进行靶基因预测,原理就是植物中miRNA与mRNA往往是碱基近乎完全匹配来结合后将mRNA降解,剪切位点通常位于miRNA的第十位或第十一位碱基,被剪切后的片段可以通过建库后进行测序,可以真实的得到miRNA在mRNA上的作用位点的序列。

动物的就不行了,动物中一般是miRNA结合在mRNA上对mRNA翻译进行抑制,无法像植物那样得到其降解后的小片段进行测序验证

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