targetscanmiRNA表达谱的生物信息学分析有哪些方面的内容

如何筛选一个靶基因的mirna

利用各种生物信息学方法和实验方法来寻找miRNA的靶基因。

，鉴定miRNA靶基因的最常用方法是依赖计算机算法，如TargetScan、MiRanda和PicTar。

它们预测miRNA种子区的结合。

种子区（seed region）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。

怎样找到一个microRNA的靶基因？？？麻烦详细点~~~

targetscan这个网站 输进去点确定。

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不过都是预测的targets mirwalk这个网站给的是已经被 报道的targets

mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等

怎样找到一个microRNA的靶基因

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。

输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。

靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressorofcytokinesignaling3）

miRNA表达谱的生物信息学分析有哪些方面的内容

归一化? microRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization，loess normalization。

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差异基因筛选? microRNA的差异筛选，同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。

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miRNA靶基因预测? microRNA结合在靶基因的3’ UTR，下调靶基因．miRNA靶基因预测有多种方法．我们利用TargetScan数据库关联microRNA的靶基因。

?4. miRNA与靶基因网络图? ????将显著性功能与显著性Pathway所包含的靶基因取交集后与microRNA构建基因与microRNA调控网络（待确认），可以在全局的水平上直观的反应基因之间的相互关系，同时反映了基因调控网络的稳定性。

根据网络中microRNA的位置函数计算出microRNA在网络中的关系强度，即microRNA的网62616964757a686964616fe58685e5aeb931333337386630络特征值。

特征值最高microRNA处于网络的枢纽性地位，该microRNA调控能力最强，对网络结构和样本性状有重要的调控价值，同时从网络中也可以得到被microRNA调控的关键靶基因。

5. miRNA－GO　Network? miR-GO Network利用靶基因的功能注释与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建microRNA功能调控的网络图。

网络图可发现MicroRNA调控的多种基因功能，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心基因功能。

? 6. miRNA－Pathway Network? miR- Pathway Network与miR-GO Network类似．利用靶基因的Pathway间相互作用关系，与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建miR- Pathway调控的网络图。

网络图可发现MicroRNA调控的多种信号通路，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心信号通路。

7. miRNA的转录因子的预测? 为了研究miRNA的调控机制，首先预测miRNA的promoter区域，根据miRNA的promoter区域，利用HMM来预测结合的转录因子。

? 8. miRNA与表达谱芯片平台的联合分析? miRNA与表达谱芯片平台的联合分析除了和甲基化与表达谱芯片分析类似外，还可以将miRNA预测的靶基因和表达谱芯片的差异基因取交集，进行miRNA-DiffGene-Network。