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ScGrid分中心所级中心资源使用指南版权所有2010-2014年:中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心ScGrid分中心所级中心资源使用指南2014-9-19中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-2登录方式请参考《中国科学院超级计算环境使用说明》,登录http://cscgrid.
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使用其他超算服务器资源需求说明当用户常用的超算服务器资源比较紧张的时候,或者该超算服务器的类型不满足用户的计算需求时(比如需要使用GPU集群),用户需要使用额外的满足其需求的超算服务器资源.
用户使用指南工作集群的选择使用网格命令listnodes列出接入网格的所有集群资源信息.
HPC列为集群名字,如果该名字为红色,则说明该用户无权使用此集群资源,如果UPDATE一列为红色,则说明由于某些故障无法使用此集群资源.
用户可以根据一些基本信息选择其可用的集群.
使用命令scelib–nsoftname可以查看哪些集群上安装有用户需要的编译器或者链接库,以及一些基本信息,比如scelib–nmkl,命令输出中HOSTNAME列是集群名字.
用户如果有编程需要可以以此为依据选择其操作的集群.
使用命令listressoftware-a可以查看哪些集群上提供了给定名字的应用封装,以及可用队列等基本信息,比如listresgaussian–a,命令输出中HPC列是集群名字.
用户如果需要访问已安装的商业/开源应用可以以此为依据选择操作的集群.
工作集群的设置使用命令setHOST=hpcname设置工作集群.
其中hpcname为选定的集群名字.
设定工作集群之后,所有的编译、网格文件操作命令、作业计算都将在设定的集群上执行,直至下一次变更工作集群设置.
编译和作业提交/管理的方式请参考情景一和情景二,不同的是文件的操作和管理略有不同.
ScGrid分中心所级中心资源使用指南2014-9-19中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-3文件的传输和管理在编译或提交计算任务之前,需要首先在登录的网格服务器上准备好需要的程序文件或者数据文件,然后将这些文件从网格服务器传输到工作集群上.
上传使用的网格命令是sceput,参数是需要传输的文件名字,使用通配符*代表当前目录下所有文件(包含子目录),传输的目的路径在工作集群上和当前工作路径相同(相对于用户主目录的路径).
由于不支持集群文件的编辑,用户需要在登录的网格服务器上通过vi等linux命令对文件做必要的编辑,修改之后使用命令sceput上传.
工作集群上的文件原则上不需要用户显式的管理,可以通过网格命令scels/scecat/scetail进行查看,使用方式和ls/cat/tail等linux常用文件命令类似.
当编译或者计算结束的时候,用户往往需要查看结果文件,可以通过scels查看产生的文件信息,执行scecatfilename或者scetailfilename查看文件内容,但是不支持集群文件的编辑;这些网格文件命令在集群上的操作目录同当前工作路径相同(相对于用户主目录的路径).
在计算结束之后,用户可能需要将结果文件从工作集群上下载到登录的网格服务器上,可以使用网格命令sceget,参数为需要下载的文件名字,下载的目的地址为当前目录.
如果计算的输入/输出数据量非常大,甚至超过几百GB,不建议使用sceput和sceget命令,请参考情景五.
实例流程以计算化学软件Gaussian的使用为例,说明如何在命令行环境中使用额外的超算服务器资源完成应用计算.
1、在主目录下创建目录projects/gaussian_test.
2、通过scp协议客户端工具WinSCPPortable访问网格服务器,将应用的数据文件methano.
com上传至目录projects/gaussian_test.
ScGrid分中心所级中心资源使用指南2014-9-19中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心Page:6-43、使用listresgaussian–a命令可以查看整个网格系统中有哪些节点安装并封装了gaussian应用,并且有哪些队列可以使用,以及队列的基本使用情况.
从该命令的输出来看,比如用户可以选择名为chemistry的集群服务器完成其计算.
4、使用listnodes命令可以查看各集群服务器的基本情况,连接情况以及用户是否有权限使用.