作业chmod用法

深腾7000使用指南中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心2010年5月11日注意事项1.
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2.
请用bqueues命令查看可用队列,用bqueues–l376的节点间并行程序,请提前联系超算系统管理人员.
OpenMP程序编译:IntelCompiler支持OpenMP并行编程,例如:icc-openmp-ohellohello.
cMPI并行程序编译:SGIMPT直接安装在系统目录/usr下,mpirun等可执行程序在/usr/bin,mpi.
h等头文件在/usr/include,libmpi.
so等库文件在/usr/libMPT中没有提供mpicc、mpif77等命令,用户可直接用Intelicc/ifort编译,在链接时加上-lmpi即可.
例如:icc–ohellohello.
c–lmpiMPI+OpenMP并行程序编译:例如:icc-openmp-ompi_openmp_hellompi_openmp_hello.
c-lmpiSGI胖节点环境中的程序编译环境在head节点上.
5.
作业提交、资源管理5.
1.
队列设置深腾7000高性能计算机与深腾6800一样采用PlatformLSFHPC管理资源、调度作业.
请用bqueues命令查看可用队列,用bqueues–l*;Y指定了作业在单个节点上使用的CPU核心个数,这里Y=.
在刀片上,1≤Y≤8;在厚节点上,1≤Y≤64,为减少资源浪费,刀片节点建议Y≥4,厚节点建议Y≥8;这里PROGRAM是带路径的程序名.
(6)胖节点MPI+OpenMP作业提交:exportOMP_NUM_THREADS=*;这里PROGRAM带路径的程序名.
因为目前altix_s,altix_n,altix_l队列包含节点仅1台胖节点,所以胖节点上MPI+OpenMP作业提交时无需-R"span[ptile=Y]"参数,altix_dbg队列包含head和1台胖节点,提交时可以用-R"span[ptile=Y]"参数指定每个节点使用的CPU核心个数.
(7)串行作业提交:bsub-W[hour:]minute-n1-qQUEUENAME-oOUTPUTFILE-eERRFILEPROGRAM例如:(1)刀片节点上的串行作业提交:bsub-W5-n1-qx64_small-oout-eerr.
/mytest(2)刀片节点上的IntelMPI作业提交:bsub–W1:0-aintelmpi-n16-qx64_blades-oout-eerrmpirun.
lsf.
/test.
impi(3)刀片节点上的OpenMPI作业提交:bsub-W2:0-aopenmpi-n128-qx64_blades-oout-eerrmpirun.
lsf.
/test.
ompi(4)刀片节点上的OpenMPI大作业(256节点)提交:bsub-W2:0-n1024–R"span[ptile=4]"-qx64_blades-oout-eerrmpijob.
openmpi.
/test.
ompi(5)刀片节点MPI+OpenMP作业提交:exportOMP_NUM_THREADS=6bsub–W15–x–aintelmpi–n12–R"span[ptile=6]"–qx64_dbg–oout–eerrmpirun.
lsf.
/mpi_openmp_hello.
impi(6)厚节点上的串行作业提交:bsub-W5-n1-qx64_3950small-oout-eerr.
/mytest(7)厚节点上的MPI作业提交:bsub-W5:0-aintelmpi–n128-R"span[ptile=64]"-qx64_3950-oout-eerrmpirun.
lsf.
/test.
impi(8)厚节点上的OpenMP作业提交:bsub-W5-aopenmp-n8-R"span[hosts=1]"-qx64_3950-oout-eerr.
/openmp.
shopenmp.
sh的内容如下:exportOMP_NUM_THREADS=8#需要使用的处理器核心个数.
/hellochmod+xopenmp.
sh增加openmp.
sh的可执行属性.
(9)厚节点MPI+OpenMP作业提交:exportOMP_NUM_THREADS=12bsub–W15–x–aintelmpi–n24–R"span[ptile=12]"–qx64_3950dbg–oout–eerrmpirun.
lsf.
/mpi_openmp_hello.
impi(10)胖节点上的串行作业提交:bsub-W5-n1-qaltix_s-oout-eerr.
/mytest(11)胖节点上的MPI作业提交:bsub-W6:00-qaltix_n-n128-ooutfile-eerrmsgmpijob.
sgi.
/xhpl(12)胖节点上OpenMP作业提交:bsub-W3:00-aopenmp-n128-R"span[hosts=1]"-qaltix_n-ooutfile-eerrmsg.
/openmp.
shopenmp.
sh的内容如下:exportOMP_NUM_THREADS=128#需要使用的处理器核心个数.
/testchmod+xopenmp.
sh增加openmp.
sh的可执行属性.
(13)胖节点上MPI+OpenMP作业提交:exportOMP_NUM_THREADS=8bsub–W10–n64–qaltix_n-ompi_openmp_hello.
out-empi_openmp_hello.
errmpijob.
sgi.
/mpi_openmp_hello.
mpt5.
2.
2.
使用bsub脚本多次提交具有相同参数的作业bsub命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业,其格式为:该脚本中的参数与命令行下:#BSUB-W[hour:]minute#BSUB-aMPITYPE#BSUB-nZ#BSUB-R"span[ptile=Y]"#BSUB-qQUEUENAME#BSUB-oOUTPUTFILE#BSUB-eERRFILEmpirun.
lsfPROGRAMbsub-W[hour:]minute-aMPITYPE-nZ-R"span[ptile=Y]"-qQUEUENAME-oOUTPUTFILE-eERRFILEmpirun.
lsfPROGRAM命令的参数含义相同.
提交作业时,仍使用bsub命令,格式为:[user@LB270209~]$bsubissubmittedtoqueue.
"的信息,这条信息显示了您所提交作业的作业号(第一个尖括号里面的内容)以及您的作业提交到的队列(第二个尖括号中的内容).
建议您每次提交作业后将对应的作业名及作业号记录下来,因为您在提交作业之后对您的作业进行操作或是在作业退出之后查看作业历史和作业输出信息时,都必须用到这个作业号.
注:1.
对于OpenMP作业,通过环境变量OMP_NUM_THREADS设置的并发线程数一定要小于或等于bsub命令"-n"申请的CPU核心数.
否则,我们不得不停掉您的作业.
5.
3.
查看作业运行情况bjobs的功能是查看系统中作业的情况.
直接执行"bjobs"命令会得到当前用户正在排队和正在运行的作业列表.
bjobs命令的执行结果很直观地依次列出了作业的作业号、用户名、作业状态、作业所在队列、提交作业的结点、作业运行所占用的结点、作业名以及作业提交的时间.
bjobs命令的常用参数如下:-a在不加任何参数的情况下,看到的只是自己提交的并且尚未结束的作业.
如果您使用了"-a"参数,除了未完成的作业之外,还能看到一些刚结束不久的作业的信息.
-u如果需要查看系统中别的用户的作业情况的话,您只需加上"-u"参数,比如想查看用户"user1"的作业情况,那么执行"bjobs-uuser1"即可.
如果执行了"bjobs-uall"的话,您将会看到所有用户的作业信息.
-l加上-l参数可以查看查看某个作业的详细信息,具体格式是"bjobs-lJOBID".
下表对常见的作业状态解释:状态含义PEND作业正在队列中排队RUN作业正在被执行DONE作业已经执行完毕,并且正常退出EXITED作业非正常退出PSUSP作业在排队过程中被挂起USUSP作业在运行过程中被人为强制挂起SSUSP作业在运行过程中被系统挂起5.
4.
查看运行中作业的标准(屏幕)输出信息在作业运行的过程中,可以使用bpeek命令随时查看作业的标准输出信息以确定作业是否在正常的运行.
命令格式是"bpeekJOBID".
5.
5.
挂起和释放作业5.
5.
1.
挂起作业作业提交之后,在排队过程中,可能需要暂时不让这个作业被调度执行,或是作业已经在运行的时候,希望它暂时停下来,那么可以通过挂起作业来达到目的.
系统中挂起作业的命令是"bstop",只需执行"bstopJOBID"即可,如"bstop5060".
如果作业已经运行,那么它的状态将变为"USUSP",如果作业还尚未运行,那么它的状态则变为"PSUSP".
5.
5.
2.
释放作业与作业挂起操作相对应的是释放操作,该操作能够让被挂起的作业重新被激活,允许系统对其进行调度并执行.
释放作业的命令是"bresume",命令的格式和挂起操作是一样的,即"bresumeJOBID",对应上面的例子,现在我们需要将5060号重新释放,那么执行"bresume5060"即可.
5.
6.
删除作业如果要删除某个作业,可以很简单的通过"bkillJOBID"来杀掉作业,不管该作业是在排队或是已经被执行.
5.
7.
查看作业输出信息提交作业时以"-o"参数指定了输出文件,作业的标准(屏幕)输出将会保存在这个输出文件中.
5.
8.
查看历史作业信息作业运行完毕之后,作业的相关信息会被保存在系统中,可以用"bhist"命令随时来查看.
如果作业结束已经很久了,需要用"bhist-a"才能看到它们了.
同bjobs一样,默认情况下,系统给出的是当前用户提交的作业的基本信息的列表,如果需要查看别人的作业信息,或是了解作业的详细情况,您还需要加上"-u"、"-l"等参数,其功能与bjobs的对应参数相似.
5.
9.
其它命令简介bqueues命令bqueues命令用于查看队列信息,默认情况下,bqueues命令列出LSF系统中定义的全部队列信息,包括队列名、优先级、状态信息、最大可用资源数、排队作业数、运行作业数等信息.
brequeue命令brequeue命令用于作业重新排队,用户可以使用命令brequeueJOBID终止指定的、隶属于自己的、并正在运行的作业,该作业将以原有的作业号重新进行排队,重新获得调度、运行.
btop/bbot命令btop/bbot命令用于改变处于"PEND"状态的作业获得调度的次序,用户只能改变自己处于同一队列内的作业的相对次序,btop使指定作业在同一队列内的,所有同优先级的作业中最先获得调度.
bbot则相反.
bhosts命令bhosts命令用于查看结点状态,处于"ok"状态的结点表示该节点可以接收用户作业.
结点上已经有作业运行或者负载过高都会导致"closed"状态.