研究人员音乐搜索引擎

国际INTERNATIONAL2017年1月23日星期一Tel:(010)62580617主编:赵路编辑:冯丽妃校对:傅克伟E-mail押lzhao@stimes.
cn3当AngelaBraren在2012年遇见KatharineCorriveau时,她们注意到彼此存在许多共同点.
她们都有未完成研究,而且有共同原因:她们将更多时间花在筹集经费而非做研究上.
通过分享挫折,她们迅速形成一个共同愿景.
这两位女科学家联合计算机学家GauriManglik———在美国加利福尼亚州旧金山启动了Instrumentl———这个基于网页和邮箱的服务器,能为研究人员提供适合的经费资助信息.
最初,研究人员需要在两周的试用期过后,付费订阅相关信息,但软件升级后,从去年11月28日起,该网站也有了免费账户.
前渔业生态学家、Instrumentl首席执行官Braren表示,从那时到现在,每周约有1000位科学家注册.
该软件有1万多名用户,其中大部分是免费账户.
"我们的责任是发掘、推荐那些可能为研究助力的科学津贴,有点像寻找科研津贴的火种.
"Braren说.
Instrumentl产品经理Manglik则指出,目前他们正致力于解决研究人员的一大难题:科学家一半的精力被浪费在寻找研究津贴上,这令人难以置信,同时也意味着目前人们只用了一半的力气在发展科技.
而且,很多研究人员只是草草地浏览国家经费资助机构网页和谷歌,因此错过不少申请机会,他们需要更好的工具搜索和筛选各种信息.
据悉,科学家只需在Instrumentl上录入研究项目的具体细节,剩下的工作诸如网上信息搜索、数据库梳理等都可以交给Instrumentl.
该网站利用电子邮件、仪表盘等功能提醒科学家即将到来的截止日期,同时会向用户弹出最新的募款渠道.
"我们认为Instrumentl会为经费领域带来重大影响.
"前农业学家、Instrumentl首席营运官Corriveau说.
早期用户十分有热情,并认为该网站类似于音乐搜索引擎.
"这种模式太棒了.
"当前用户、洪堡州立大学ErikaWright说.
作为一个推荐引擎,Instrumentl能"学习"用户的偏好,并相应地对后续建议进行提炼.
Wright通常会搜索grants.
gov等网站或SPIN等数据库,为洪堡州立大学的研究人员寻找经费项目.
"Instrumentl能将需要大量时间和精力的搜索工作自动化.
"她说.
去年11月底,华盛顿大学生态学博士Lau-renSatterfield注册了一个免费账户.
只要5分钟,Instrumentl就将她的人口统计学特征以及科学背景、特定研究项目和经费要求等信息整理完毕.
在24小时内,Instrumentl就为她发送了40个匹配的经费项目.
"凑足一个经费列表就很难了,更何况In-strumentl能给你一个跟自己匹配的经费单.
这样就方便我进行筛选.
"研究狼和美洲狮相互作用的Satterfield说.
每个简介包括经费项目的要点———提供者、截止日期、项目概况、资格和选择权等.
用户可选择"保存""不确定"或"不感兴趣",而In-strumentl将在之后的搜索中纳入这些信息.
目前,Instrumentl服务于非人类生物科学领域(包括动物学、植物学和海洋科学)、生态学、进化、农业、土壤科学、地球科学、古生物学和环境科学,但Braren表示,在未来将为所有领域的研究人员提供帮助,从自然科学到人文社会科学.
该数据库包含7000个经费机会,主要来自美国资助者.
Instrumentl服务的目的是让科研过程更加流畅,为研究人员提供一个实用的应用.
加州大学伯克利分校研究发展主管DavidTrinkle表示,与其他类似的数据库相比,Instru-mentl输出的信息更容易理解,因此也更能提高研究人员效率.
而且,Instrumentl的"新方法"让研究人员能有申请非传统经费的机会.
不过,科罗拉多大学神经学助理教授ZoeDonaldson表示,该网站提供的信息缺乏有关成功率和优先级等信息.
Donaldson尚未使用该网站,她选择的是能提供免费经费信息的Trialect服务器.
无论如何,Wright表示,Instrumentl能节省研究人员时间,提高获得经费的机会.
Wright建议研究人员使用免费账户,试用该产品,但现在有多少研究者将转移到付费账户还不清楚.
(唐一尘编译)近日,美国政府取消了一个有争议的新规定提案,研究人员认为,这一规定让研究中患者血液和组织样本的使用更加困难.
最终发布的普遍法则删掉了这些规定,但也保留了一些变化.
反对相关生物样本规定的生物医学和大学研究团体如释重负.
"我们非常高兴.
"美国大学联盟生物医学研究政策分析者LizbetBoroughs说.
具有26年历史的普遍法则主要保护参与联邦资助研究的志愿者.
健康与人类服务部(HHS)和其他机构在2011年对医学研究的诸多内容进行了调查和整改,例如电子医疗档案的使用和隐私协议等.
而2015年9月发布的建议条款包含了许多没有争议的改进,例如,知情同意表更简化和低风险研究享有豁免权.
但该提案还为研究人员敲响警钟,因为它为研究用血液、尿液、组织和其他人类样本施加新规定.
目前,这些样本在去除姓名和其他描述性信息后,能在未得到捐献者同意的情况下用于新研究.
但新规定要求使用此类去识别样本也需要获得知情同意.
相关机构也将需要设立系统追踪这些同意信息.
这一变化还将带来巨大成本,很多小医院和诊所可能会停止为研究人员提供样本.
批评者还担心,保留样本和知情同意书将产生新的隐私风险.
美国国家科学、工程和医学院的一个委员会督促政府取消这条内容.
最终,HHS和其他15家机构发布了543页的正式版本,不包含新的生物样本规定.
不过,参与编制修改条款的美国国立卫生研究院前官员KathyHudson表示,她仍然认为知情同意"是正确和应受尊重的事情",但普遍法则无法帮助达成这一目标.
(唐一尘)美放弃使用人类研究样本有争议提议在一桩剽窃丑闻中,克罗地亚最高研究伦理委员会(CESHE)与该国科技部部长发生了冲突.
在该委员会发现后者存在抄袭其他学者作品后,这位部长拒绝辞职.
2016年10月,斯普利特大学哲学家PavoBarisic出任克罗地亚科技部部长.
但不久,Barisic就遭到指控:其一篇发表于2008年的综述论文涉嫌复制另一学者的文章,但没有标明出处.
实际上,早在2011年就有另外4位哲学家提出了这一指控,但CESHE表示将会调查.
今年1月9日,CESHE的报告在正式发布前被泄露给了当地媒体.
报告显示,Barisic文章中的补充说明部分引用了美国国际关系专家StephenSchlesinger的博客,但没有标明出处.
另外,该文章被指还存在其他问题,例如,Barisic描述了已故美国政治学家SamuelHunting-ton的观点,但也没有标明.
但该委员会没有明确指出这是否属于剽窃.
之前,Barisic坚称自己没有犯错.
这位科学部部长在2011年指出,斯普利特大学的一个伦理委员会表示这些指控不实.
2016年12月,时任CESHE主席的VlatkoSilobrcic辞职,作为对政府施压终结该案例的反应.
不过,报告一出,Barisic就改口称自己从Schlesinger博客摘录了部分内容,但没有标明出处,并对此表示歉意.
但他还表示,这一错误仅仅是"排版错误",不需要自己辞职.
虽然,CESHE无权进行制裁,但要他辞职的呼声日渐高涨.
2012年至2014年任克罗地亚科技部副部长的里耶卡大学工程师SasaZelenika表示,Barisic在这一事件上再三将公众向错误方向引导.
"这位部长当然要辞职.
"他说.
出生于克罗地亚的德国法兰克福大学生物化学家IvanDikic在一份写给克罗地亚总理AndrejPlenkovic的公开信中表示,Barisic的行为表明他并非领导该国科技部的最佳人选.
(张章)克罗地亚科技部长身陷剽窃丑闻PavoBarsic图片来源:IvoCagalj/PIXSELL全球科技政策新闻与解析科学线人"媒人"帮我找经费美推出高效经费搜索引擎FranciscoMojica并非第一个看见CRISPR的人,但他可能是第一个为它着迷的人.
他还记得1992年当他首次瞥见可能引发一场生物技术革命的这个微生物免疫系统的那一天.
他在评估地中海嗜盐菌的基因测序数据,注意到14个不寻常的DNA序列,每个有30个碱基.
它们的前后读数大致相同,每次重复35个碱基左右.
很快,他看到更多的类似现象.
Mojica由此踏入该领域,使重复序列研究成为他在西班牙阿利坎特大学集中研究的对象.
这并不是一个受欢迎的决定.
他的实验室连续数年没有收到资助.
在会议上,Mojica会抓住机会逮住他能找到的任何大人物追问他们如何看待这种奇怪的小序列重复.
"别太关注重复.
"他们总是这样警告他.
"很多有机体中都有很多重复.
我们知道它们已经有几年了,但并不知道它们中的大多数如何工作.
"今天,人们已经了解到更多关于这个团簇的信息,即定期中间短回文的重复序列,这使它获得了CRISPR的名字,并帮助CRISPR-Cas微生物免疫系统毁灭入侵细菌.
但是尽管生物医药领域大多数人已经开始敬畏这一系统的运行机制,尤其是一种叫作CRISPR-Cas9的版本,因为它可被用于编辑基因,Mojica和其他微生物学家仍对该系统的一些基础问题以及它如何运行感到困惑.
它如何演变如何影响微生物演化为什么一些微生物在使用它,而另一些则没有它是否在基础生物学上拥有一些其他仍待了解的优点它来自哪里诸如CRISPR-Cas的生物学优势非常明显.
原核生物(细菌以及鲜有人知道的被称为古生菌的单细胞生物)面临基因入侵者的不断冲击.
病毒数量远超过原核生物,其数量比可达10:1,并且每过两天就会杀死世界上一半的细菌.
原核生物还会交换DNA的废弃物:质粒.
它们可能是寄生的———通过使宿主的资源逐渐枯竭迫使其自杀,如果宿主在设法驱逐这个"搭便车"的分子.
似乎没有什么地方是安全的:从土壤到海洋到地球上最不宜居的荒凉地方,基因入侵者无处不在.
原核生物已经进化出大量武器来应对这些威胁.
但这些防御有些迟钝.
每个酶都经过规划以识别特定的序列,只有当一个微生物获得争取的基因复本,它才可能得到保护.
CRISPR-Cas更具活力.
它能以类似于人类抗体在感染后提供长期免疫的方式适应和记住具体的基因入侵者.
"当我们一开始听到这种假设,我们认为这种方式对于简单的原核生物可能过于复杂了.
"荷兰瓦赫宁根大学微生物学家JohnvanderOost说.
Mojica和其他人在看到CRISPR回文重复之间的空间中的DNA有时和病毒基因组中的序列相匹配时,他们推断了CRISPR-Cas的功能.
从那时起,研究人员开始研制出与CRISPR相关联的特定蛋白,并在细菌和古生菌接触特定病毒或质粒之后,将这些间隔的序列添加到基因组中.
来自于那些间隔区的RNA会指导其他Cas蛋白吞掉任何与该序列相匹配的入侵DNA或RNA.
它如何工作近年来,很多关于Cas蛋白补充间隔区的分子细节已经得到详细了解,但病毒DNA在化学上近似于宿主DNA.
在一个承载着DNA的细胞中,这些蛋白如何知道将哪个DNA添加到CRISPR-Cas记忆中这一赌注非常高:如果一个细菌添加了它本身DNA的一个片段,它会因为自动免疫进攻而自杀.
立陶宛维尔纽斯大学生化学家Vir-ginijusSiksnys说,"这些酶是一把双刃剑.
"可能是因为细菌和古生菌种群能够吸收一定错误,美国北卡罗莱纳大学微生物学家RodolpheBarrangou说.
如果其他细胞能够在病毒攻击之后蓬勃发展,一些细胞的自杀可能并不重要.
实际上,当病毒潜入细菌生态系统时,通常1000万个细菌中会有一个细菌获得一个自我防御的间隔区.
这一几率使得研究是什么驱动间隔区识别非常困难,同时了解为什么其他细胞失败之后另一个细胞会继续下去也很困难.
"当它真正发生的时候,很难捕捉到那些细菌.
"纽约洛克菲勒大学微生物学家LucianoMarraffini说.
它还可能做什么一些间隔区的起源是另一个谜题.
到目前为止观测到的低于3%的间隔区与DNA数据库中任何已知的序列相匹配.
这反映了人们对病毒了解得多么少.
大多数测序工作集中于那些感染者、牲畜或是庄稼.
"我们对细菌的敌人知之甚少,特别是疯狂的古生菌的敌人.
"雅典佐治亚大学RNA生物学家MichaelTerns说.
还有可能一些间隔区是已经不存在或者变异到不可分辨的病毒的鬼魂.
但第三种可能性也是热门的研究领域.
研究人员已经发现了CRISPR-Cas系统不仅是阻止基因入群者的案例.
在一些细菌中,CRISPR-Cas成分会控制DNA修复、基因表达和生物膜的形成.
它们还能决定一个细菌影响其他细菌的能力:嗜肺军团菌会导致退伍军人病症,它们一定拥有Cas蛋白Cas2,从而感染其天然宿主变形虫.
"一个主要的问题是有多少生物在防御之外.
"马萨诸塞大学医学院分子生物学家ErikSontheimer说,"这是未来几年若干只'靴子'要落地的领域.
"为什么只有一些微生物会用它无论CRISPR-Cas有什么其他的功能,很明显一些微生物使用它的几率超过另一些.
超过90%的古生菌具有基于CRIPSR的免疫,而经过测序的细菌仅有1/3拥有它,Koonin说.
并没有非原核生物,甚至是单细胞生物,被发现存在CRISPR-Cas.
其中一种叫作纳古菌的古生菌就像一种寄生虫一样,寄生在接近沸水中的另一种古生菌身上,并分发了很多与能量制作相关的基因和常规的细胞管家.
然而,在其49万DNA字母的说明书的小世界中,纳古菌在CRIPSR-Cas系统上拥有约30个间隔区.
"其一大部分基因组致力于CRISPR.
"英国圣安德鲁斯大学分子生物学家MalcolmWhite说,"CRISPR一定非常重要,然而我们并不知道其原因.
"这样的不同表明有一些关键的生态因素支持CRISPR-Cas系统,更重视病毒防御或其他益处,而非细胞自杀的风险,埃克塞特大学彭林校园微生物学家EdzeWestra说.
极端环境似乎会支持CRISPR-Cas系统,但Westra强调,类似系统的频率在更适宜居住的栖息地的细菌中间也会呈现出一定变化.
例如鸟类病原体———鸡毒支原体在其宿主从鸡转变为野雀时会丢掉其CRISPR-Cas装备.
然而,为什么该系统在鸡身上有用,但在野雀身上无用,谁也说不清楚,Westra说.
存在多少种CRISPR-Cas类型研究人员已经正式分辨出6种不同的CRISPR系统,包含19个亚种.
"实际上我们只知道它们中一小部分在发挥作用.
"Mar-raffini说.
解开那些机制可能就会找到利用CRISPR-Cas系统的新生物技术.
例如,备受科学家喜爱的CRISPR—Cas9属于II系统,该系统利用转录自间隔区序列的RNA分子导向一种酶,切断入侵病毒或DNA质粒.
系统III是自然界最常见的CRISPR-Cas系统,也是了解最少的系统.
到目前为止,证据表明它们不是对DNA或RNA自身作出回应,而是对把DNA转译到RNA内部的过程作出回应.
其他的系统可能也会突然出现,尤其是研究人员将他们的寻找目标扩展到培养皿之外时,包括了来自环境DNA样本的基因测序.
对于Mojica来说,探索这种多样性并回答关于CRISPR系统的基本问题比它们引发的革命更吸引人.
"我知道它是个非常了不起的工具.
它妙极了.
它可以被用于治疗疾病.
"Mojica说,"但这不是我的事.
我想知道这个系统从头到尾如何工作.
"(晋楠编译)原核生物利用CRISPR-Cas抵抗在细胞上形成图中结构的病毒.
图片来源:Tessa它是谁来自哪里如何工作……关于基因"剪刀"的五大谜题KatharineCorriveau、AngelaBraren和GauriManglik(从左到右)图片来源:StevenChan/YCombinator它是个非常了不起的工具.
我想知道这个系统从头到尾如何工作.
"被提议的人类样本使用新规则成为争议源头.
图片来源:EdTech