计算圣迭戈

35成功案例|英特尔固态盘—解决方案与成功案例35SDSC*(圣地亚哥超级计算中心):高性能计算(HPC)消除I/O瓶颈,助力化学家和生物学家提高研究效率"英特尔固态盘出众的性能可够帮助SDSC研究人员进行突破性的科学研究.
相比传统HPC磁盘体系结构,闪存技术带来了I/O方面的数量级改进.
"MichaelNorman执行董事圣地亚哥超级计算机中心选择性烯烃复分解反应过渡态(资料来源:K.
Houk,加州大学洛杉矶分校)简介SDSC是数据密集型计算领域的领导者,一直为包括行业和学术机构在内的国家研究团体提供资源、服务和专业知识.
SDSC的使命是通过为这些团体提供诸如高性能硬件技术、综合软件技术和深度跨学科专业知识,扩展科学研究的范围.
2012年,SDSC部署了首个大规模使用闪存的高性能计算群集—Gordon.
Gordon由ApproInternational负责构建,后者曾为全球各地的学校、政府研究实验室和公司部署高性能计算.
I/O难题当今,很多科学和数据密集型应用程序都具有数据访问模式随机或超小型事务操作频繁的特点.
传统HPC体系结构提供了构建于旋转磁盘技术之上的大规模平行文件系统(如Lustre),却并不适用于这类I/O需求.
相关的文件系统和机械延迟都太高而无法在应用程序在平行文件系统和CPU间移动数据时提供I/O事务支持.
解决方案Gordon通过在平行文件系统和计算节点间部署300TB英特尔固态盘710系列,进而在计算层级间插入了一个全新的层.
六十四个英特尔WestmereI/O节点中的每个节点都包含16个英特尔710系列固态盘,这些节点为用户提供了资源,可用于数据库和分析应用程序的快速暂存空间或永久性存储.
使用案例1:消除计算化学的I/O瓶颈来自加州大学洛杉矶分校的KendallHouk和PenLiu,以及来自加州理工学院的BobGrubbs一直致力于寻找用于烯烃复分解反应过程的催化剂,这一反应过程在工业产品和消费产品的开发过程中起着重要作用.
对于这一工作,他们正在使用标准应用程序Gaussian来进行计算性化学计算.
Gaussian创建了大型临时暂存文件来存储和检索中间结果,这将消耗大量内存.
这些要求将传统高性能计算系统推至极限,直到现在,仍在严重限制在这些系统上可能进行的计算的规模和复杂程度.